结论：物流与烟草厂家签约合同关系下，邮寄托运卷烟50条且没有准运证进行运输，是违规违纪的行为，可能面临法律处罚。
法律背景与解释：
烟草专卖法规：
- 根据我国《烟草专卖法》及相关实施条例，烟草制品的生产、销售、进出口以及运输等环节均受到严格的专卖管理。
- 运输烟草制品，必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证。
无准运证运输的后果：
- 若未持有准运证而擅自运输烟草制品，将构成无证运输的违法行为。
- 根据违法情节的轻重，可能面临罚款、没收违法所得、没收非法运输的烟草制品等行政处罚。
- 在严重情况下，如涉及大量烟草制品或多次违法，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
合同关系与责任：
- 物流公司与烟草厂家之间的合同关系，并不能成为无证运输烟草制品的合法理由。
- 合同双方均应遵守国家法律法规，不得利用合同关系进行违法活动。
- 若物流公司明知或应知烟草厂家未提供准运证而仍进行运输，物流公司也可能承担相应的法律责任。
法律建议：
立即停止违法行为：
- 若物流公司或烟草厂家已存在无证运输烟草制品的行为，应立即停止，并主动向烟草专卖行政主管部门报告，配合调查处理。
完善运输手续：
- 在未来的运输活动中，务必确保持有有效的准运证，并严格按照准运证规定的路线、时间、数量等要求进行运输。
加强法律意识与培训：
- 物流公司和烟草厂家应加强对相关法律法规的学习与培训，提高法律意识，确保业务活动的合法性。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 若在具体操作中遇到法律疑问或困惑，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
可能面临的法律后果示例：
- 假设某物流公司未经许可运输了50条卷烟，且未持有准运证，被烟草专卖行政主管部门查获。根据相关规定，该物流公司可能面临罚款，罚款金额根据违法情节的轻重而定，可能包括没收违法所得和非法运输的卷烟。若情节严重，还可能涉及刑事责任。
综上所述，物流与烟草厂家签约合同关系下，邮寄托运卷烟必须持有准运证，否则将构成违规违纪行为，可能面临法律处罚。因此，建议双方严格遵守国家法律法规，确保运输活动的合法性。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。