结论：村里将农民每户3-5亩土地确权，剩余部分土地留下做村里日后修路用，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，若未经法定程序，直接留用剩余土地用于修路是不合法的。
分析说明：
土地确权与集体土地所有权：
- 土地确权是依法对土地所有权、使用权和他项权利的确认、登记，是保障农民土地权益的重要措施。
- 农村土地，除法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有。宅基地和自留地、自留山，也属于农民集体所有。因此，村里对土地的确权行为，应是在法律框架内对农民集体所有土地的确认和登记。
土地留用与修路用途的合法性：
- 若村里计划留用剩余土地用于修路，这涉及到土地用途的变更。根据相关法律法规，土地用途的变更需经过法定程序，包括规划审批、土地征收或征用（如需）、补偿安置等。
- 未经法定程序，村里无权直接留用剩余土地用于修路。即使是为了公共利益（如修路）需要使用土地，也应依法进行征收或征用，并给予农民合理的补偿。
农民权益的保护：
- 农民作为土地的使用权人，其权益受法律保护。村里在留用土地时，应充分尊重农民的意愿，保障农民的知情权、参与权和监督权。
- 若村里未经农民同意，擅自留用土地用于修路，农民有权向相关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于村里：应依法进行土地确权工作，确保确权过程的合法性和公正性。若需留用剩余土地用于修路等公共利益项目，应依法履行相关程序，包括规划审批、土地征收或征用、补偿安置等，确保农民的合法权益得到保障。
- 对于农民：应积极参与土地确权工作，了解自己的土地权益。若发现村里未经法定程序留用土地用于修路等行为，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
后续行动建议：
- 若村里已经留用了剩余土地用于修路，且农民认为这一行为不合法，建议农民先与村里进行沟通协商，了解留用土地的具体情况和法律依据。
- 若沟通协商无果，农民可以向当地国土资源部门、农业部门或政府相关部门投诉，要求相关部门进行调查处理。
- 若投诉仍未得到解决，农民可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。在此过程中，建议农民咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。