村副书记索取村民3000元属于违法行为，将面临纪律处分、行政处罚甚至刑事处罚，具体处理方式需结合其行为性质和情节严重程度判断。以下是详细分析：

1. 纪律处分层面
   根据《中国共产党纪律处分条例》，村副书记作为党员干部，若存在索取财物的行为，可能构成“违反廉洁纪律”。即使金额未达刑事立案标准，党组织仍可依据条例给予警告、严重警告、撤销党内职务等处分。例如，若其利用职务便利为村民办事时索要“好处费”，即使未承诺具体回报，仍可能被认定为“违规收受礼品礼金”的变种。

2. 行政处罚层面
   若村副书记的行为未达到刑事犯罪标准，但违反《治安管理处罚法》第49条（敲诈勒索）或第51条（招摇撞骗），公安机关可对其处以5-15日拘留，并可并处1000元以下罚款。例如，若其以“处理事务需要打点”为由索要钱财，可能被认定为敲诈勒索的行政违法行为。

3. 刑事处罚层面
   若索取3000元的行为符合《刑法》第274条敲诈勒索罪或第385条受贿罪的构成要件，将面临刑事追责：

   • 敲诈勒索罪：若以威胁、要挟方式索取财物，数额较大（通常为2000-5000元以上，各地标准不同），可处3年以下有期徒刑、拘役或管制；
     
   • 受贿罪：若村副书记属于“国家工作人员”（如经选举或任命担任村干部），利用职务便利索取财物，即使金额为3000元，也可能因“数额较小”不构成犯罪，但若存在多次索贿、为他人谋取不正当利益等情节，可能被认定为“其他较重情节”，从而构成受贿罪。

建议行动步骤：

1. 固定证据：保存转账记录、聊天记录、录音录像等证明索取行为的材料；
   
2. 向纪检监察机关举报：通过12388举报平台或直接向乡镇纪委反映；
   
3. 报警处理：若存在威胁、要挟情节，可向公安机关报案；
   
4. 民事追偿：若已支付钱款，可提起民事诉讼要求返还（需证明索取行为违法）。
   

特别说明：村干部是否属于“国家工作人员”需结合具体职责判断。若其协助政府从事行政管理工作（如管理征地补偿款），可能被认定为“其他依照法律从事公务的人员”，从而适用受贿罪相关规定。如有进一步细节，可继续向我咨询。