三方合作协议本身并不违法，但其合法性取决于协议内容是否符合法律法规的规定以及各方当事人的真实意愿。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议内容合法性
不违反法律法规强制性规定：三方合作协议的内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，如不得违反市场准入、反垄断、反不正当竞争等法律法规。如果协议内容涉及非法活动，如走私、贩毒、洗钱等，那么该协议自然是违法的。
不损害社会公共利益：协议内容不得损害社会公共利益，如不得破坏环境、不得侵犯他人合法权益等。如果协议内容违反了社会公共利益，那么该协议也可能被认定为违法。
意思表示真实：协议各方当事人的意思表示必须真实，不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议是在一方或双方受到欺诈、胁迫的情况下签订的，那么该协议可能因意思表示不真实而被撤销或认定为无效。
二、协议形式合法性
书面形式：虽然口头协议在某些情况下也具有法律效力，但为了确保协议的明确性和可证明性，建议三方合作协议采用书面形式。书面协议可以明确各方的权利和义务，减少纠纷的发生。
签字盖章：协议各方当事人应当在协议上签字或盖章，以表示对协议内容的认可和接受。签字或盖章是协议生效的重要条件之一。
三、实际履行中的合法性
按照协议约定履行：协议签订后，各方当事人应当按照协议约定履行各自的义务。如果一方或双方未按照协议约定履行义务，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
不得擅自变更或解除协议：在协议履行过程中，如果需要变更或解除协议，应当经过各方当事人协商一致，并签订书面变更或解除协议。未经协商一致擅自变更或解除协议的，可能构成违约行为。
四、法律后果
协议无效：如果三方合作协议违反了法律法规的强制性规定、损害了社会公共利益或意思表示不真实，那么该协议可能被认定为无效。无效协议自始没有法律约束力，各方当事人不需要按照协议约定履行义务。
承担违约责任：如果一方或双方未按照协议约定履行义务，构成违约行为的，需要承担相应的违约责任。违约责任包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
建议：在签订三方合作协议前，务必仔细审查协议内容，确保协议内容合法、合规且符合各方当事人的真实意愿。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师（即我本人，雷敏律师，专注于经济纠纷、货物买卖领域）进行审查和修改。在协议履行过程中，也要严格按照协议约定履行义务，避免产生不必要的纠纷和法律风险。