违规加层属于违法行为，需根据具体情况承担行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体处理方式如下：

1. 行政责任层面
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的，由城乡规划部门责令停止建设、限期改正（如补办手续、拆除加层部分）；逾期不改正的，可处建设工程造价5%-10%的罚款。若加层影响消防、结构安全，可能被强制拆除并恢复原状。

2. 民事责任层面
   若加层导致相邻房屋出现裂缝、漏水等损害，需依据《民法典》第238条承担侵权责任，包括赔偿修复费用、租金损失等。例如，加层导致楼下房屋无法居住，需赔偿临时安置费。

3. 刑事责任层面（极端情况）
   若加层导致建筑物倒塌造成人员伤亡，可能触犯《刑法》第134条重大责任事故罪，责任人面临三年以下有期徒刑或拘役；若加层涉及伪造公文、贿赂执法人员等行为，可能构成伪造国家机关公文罪或行贿罪。

处理建议：

• 立即停止施工：避免行政处罚加重或危害扩大；
  
• 委托专业机构鉴定：评估加层对房屋结构、消防安全的影响，为后续协商或诉讼提供依据；
  
• 协商或诉讼：与相邻业主协商赔偿，或通过法院划分责任比例（如加层方承担70%责任，开发商承担30%责任，视具体情况而定）。
  

典型案例参考：
2021年某小区业主违规加层，被城管部门强制拆除并罚款5万元；后因加层导致楼下房屋漏水，法院判决加层业主赔偿修复费用2.3万元。

如有具体场景（如农村自建房、商品房改造等），可进一步提供细节，我会结合地方性法规给出更精准的建议。