结论前置：在起诉时，确实可以将分公司和总公司一并起诉，但具体是否应当一并起诉，需结合案件具体情况和法律规定来综合判断。
详细分析：
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，在法律上，分公司和总公司是紧密相连的，分公司的行为往往被视为总公司的行为。
一并起诉的法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，虽然分公司不具有独立的法人资格，但在诉讼中，分公司可以作为独立的诉讼主体参与诉讼。同时，由于分公司的民事责任最终由总公司承担，因此，在起诉时，将分公司和总公司一并起诉是合法的，也是常见的做法。
一并起诉的考虑因素：
- 诉讼效率：一并起诉可以避免分别起诉分公司和总公司所带来的诉讼成本和时间消耗，提高诉讼效率。
- 责任承担：如果分公司有独立的财产，且足以承担民事责任，那么一并起诉可以确保判决能够得到有效执行。如果分公司财产不足，总公司作为其上级机构，其财产也可以用于承担民事责任。
- 案件复杂性：如果案件涉及多个法律关系或多个主体，一并起诉可能有助于法院更全面地了解案件事实，作出更公正的判决。
特殊情况下的处理：
- 如果分公司已经注销或吊销营业执照，那么其诉讼主体资格将丧失，此时只能起诉总公司。
- 如果分公司与总公司之间存在明确的财产分割或责任划分协议，且该协议合法有效，那么在起诉时可能需要根据协议内容来确定诉讼主体和责任承担方式。
法律建议：
- 在决定是否将分公司和总公司一并起诉时，建议先对案件进行全面评估，包括分公司的财产状况、总公司的偿债能力、案件复杂程度等因素。
- 如果决定一并起诉，应确保在起诉状中明确列明分公司和总公司作为共同被告，并阐述清楚它们之间的法律关系和责任承担方式。
- 在诉讼过程中，应积极收集证据，证明分公司和总公司的行为与案件事实之间的关联性，以及它们应当承担的法律责任。
可能后果：
- 如果一并起诉成功，法院将根据案件事实和法律规定，判决分公司和总公司共同承担民事责任。
- 如果一并起诉被驳回或不被支持，可能需要分别起诉分公司和总公司，这将增加诉讼成本和时间消耗。
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