用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资，通常是违法的。以下是从不同角度的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保护了劳动者的工资报酬权，用人单位必须按时足额支付工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
特殊情况说明
尽管一般情况下用人单位不得克扣工资，但也存在一些特殊情况，其中可能涉及工资扣除，但这些情况并不以“工作不满三个月”为前提：
经济损失赔偿：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需遵循严格的原则，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
试用期解除劳动合同：劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。在此情况下，用人单位应当结清劳动者工资，不得因劳动合同解除而随意克扣。
应对措施
如果劳动者遭遇用人单位以工作不满三个月为由扣除工资的情况，可以采取以下措施维护自己的权益：
协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理，保护劳动者的合法权益。
提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。
总结与建议
综上所述，干不满三个月扣工资通常是不合法的。用人单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的工资。作为劳动者，在遭遇此类不合法情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。