结论概述：当企业在被责令停产停业并经过催告后已经停业，接下来的处理方式主要取决于行政机关的后续决定以及企业自身的合规情况。以下从多个角度详细分析这一情况。
一、行政机关的后续决定
复查与解除：
- 行政机关在责令停产停业并催告后，会进行复查以确认企业是否已实际停业。若企业已按要求停业，且符合相关法规要求，行政机关可能会决定解除停产停业的处罚，允许企业恢复生产。
- 法律依据：虽然具体法规可能因地区和行业而异，但一般行政处罚法或相关行业法规中会有关于解除处罚的规定。例如，若企业因环保问题被责令停业，在整改完成并通过环保部门复查后，可恢复生产。
持续监管：
- 即使企业已停业，行政机关仍可能对其进行持续监管，以确保其不会擅自恢复生产或存在其他违法行为。
- 实践操作：行政机关可能会要求企业定期提交整改报告或进行现场检查，以确认其合规情况。
进一步处罚：
- 若企业在停业期间存在擅自恢复生产、未按规定进行整改或其他违法行为，行政机关可能会依法对其进一步处罚，如加重罚款、吊销许可证等。
- 法律后果：进一步处罚将增加企业的法律风险和经济负担，甚至可能导致企业无法继续经营。
二、企业自身的合规情况
积极整改：
- 企业应积极响应行政机关的责令停产停业决定，认真查找问题原因，制定整改方案，并按要求进行整改。
- 合规建议：企业可聘请专业律师或咨询机构协助整改，以确保整改措施符合法规要求，降低法律风险。
保持沟通：
- 在停业期间，企业应与行政机关保持密切沟通，及时报告整改进展和遇到的问题，以便行政机关及时了解情况并给予指导。
- 沟通技巧：企业可通过书面报告、现场汇报或电话沟通等方式与行政机关保持联系，确保信息畅通。
准备恢复生产：
- 在整改完成并通过行政机关复查后，企业应做好恢复生产的准备工作，如重新组织生产、采购原材料、安排员工等。
- 注意事项：企业在恢复生产前应确保所有整改措施已落实到位，且符合相关法规要求，以避免再次被责令停产停业。
三、特殊情况处理
对行政决定有异议：
- 若企业对行政机关的责令停产停业决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
- 法律程序：企业应在知道行政决定之日起一定期限内（如60日内）申请行政复议，或在知道行政决定之日起一定期限内（如6个月内）提起行政诉讼。
面临破产或重组：
- 若企业因责令停产停业而面临破产或重组等困境，应及时咨询专业律师或破产管理人，了解相关法律程序和要求，并制定相应的应对策略。
- 破产重组程序：企业可依法申请破产重整或和解等程序，以寻求债务重组和恢复生产的机会。
总结与建议：当企业在被责令停产停业并经过催告后已经停业时，应密切关注行政机关的后续决定，并积极进行整改和沟通。同时，企业也应做好恢复生产的准备工作，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。