针对您提出的“新三板代持合同无效的处理”这一问题，我将从代持合同无效的原因、法律后果以及具体处理方式三个方面进行详细解答。
一、代持合同无效的原因
新三板挂牌公司股权代持合同之所以可能被认定为无效，主要基于以下几个原因：
违反证券账户实名制要求：我国证券法明确规定了证券账户的实名制，要求投资者必须实名开立账户，并使用实名账户进行交易。代持行为必然涉及出借或借用证券账户，这直接违反了证券法的相关规定。
防范“影子股东”和资本无序扩张：代持行为可能成为腐败分子或企业规避监管、实现非法利益输送的手段。通过代持，实际控制人可以隐藏身份，进行复杂的股权操作，严重破坏金融监管秩序，甚至危害国家安全。
损害资本市场管理秩序：信息披露真实、准确、完整是资本市场的基本原则。代持行为导致监管机构无法得知股份的实际所有人，使得信息披露制度形同虚设，损害了资本市场秩序和公众投资者的合法权益。
二、代持合同无效的法律后果
当新三板代持合同被认定为无效时，将产生以下法律后果：
代持人丧失合法占有股份的依据：代持合同无效后，代持人继续占有涉案股份或该股份对应利益将丧失合法依据，构成民法上的不当得利。
股份利益归属的重新确定：根据无效合同财产利益的处理原则，应优先恢复到合同订立前的财产状态。若无法恢复原状，则应按照公平原则在当事人之间进行合理分配。通常，实际出资人（即被代持方）有权主张取得股份或股份处置后的价款。
可能涉及共益债务的认定：若代持人进入破产程序，代持股份或对应利益可能被认定为共益债务，并由债务人财产随时清偿。
三、具体处理方式
针对新三板代持合同无效后的具体处理，可以参考以下步骤：
确认合同无效：首先，需要通过法律程序确认代持合同的无效性。这通常涉及诉讼或仲裁等法律途径。
股份归属的确定：在确认合同无效后，需要确定股份的归属。若实际出资人具备持有该公司股权的资格，且符合相关法律法规的规定，可以判令代持人将股份变更登记至实际出资人名下。
利益分配与返还：对于股份处置后的价款或股份对应的利益，应根据实际出资人的出资情况、对投资收益的贡献程度及对投资风险承担的情况等因素进行合理分配。若代持人已进入破产程序，则该部分利益可能被认定为共益债务并优先清偿。
法律责任与处罚：对于违反证券法律法规进行代持的行为，监管机构可能会对相关责任人进行行政处罚或采取其他监管措施。同时，若代持行为涉及犯罪，还可能面临刑事责任的追究。
实例参考
以您提供的案例为例，上海市第三中级人民法院和上海市高级人民法院在处理类似案件时，均确认了代持合同的无效性，并根据实际情况对股份归属、利益分配等问题进行了合理判决。这为我们处理新三板代持合同无效问题提供了有益的参考。
综上所述，新三板代持合同无效的处理涉及多个方面，包括确认合同无效、确定股份归属、利益分配与返还以及法律责任与处罚等。在处理此类问题时，应充分考虑法律法规的规定、监管要求以及实际情况，确保处理结果的合法性和合理性。