代持新三板公司股权时，若代持人未经同意擅自转让股权，其可能承担的责任主要包括民事责任，具体分析如下：

1. 民事责任：

   • 违约责任：股权代持协议是双方真实意思的表示，对双方具有法律约束力。若代持人未经实际出资人（即隐名股东）同意，擅自转让股权，这明显违反了代持协议中的约定，构成违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应当承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、继续履行等。在此情况下，实际出资人有权要求代持人赔偿因擅自转让股权所造成的损失，如股权转让款的差额、因股权转让导致的其他经济损失等。
   • 侵权责任：代持人未经同意擅自转让股权，还可能构成对实际出资人财产权的侵害。实际出资人作为股权的实际所有者，其财产权受到法律保护。代持人的擅自转让行为，导致实际出资人失去了对股权的控制和收益，因此，代持人应当承担侵权责任，赔偿实际出资人因此遭受的损失。
   • 返还股权转让款：如果股权转让已经完成，且受让人是善意第三人（即不知道代持关系且以合理价格受让股权），那么实际出资人可能无法直接追回股权。但在此情况下，实际出资人仍有权要求代持人返还其因擅自转让股权所获得的转让款，以弥补其损失。

2. 特殊情况下的责任承担：

   • 若受让人非善意第三人：如果受让人知道或应当知道代持关系，或者以明显不合理的价格受让股权，那么实际出资人可能有权直接追回股权，或者要求代持人和受让人共同承担赔偿责任。
   • 若代持行为违法或违规：如果股权代持行为本身违反了法律法规的强制性规定（如证券法、公司法等关于股权转让、信息披露等规定），那么代持人还可能面临行政处罚或刑事责任。但这种情况下的责任承担，通常与擅自转让股权的行为本身不直接相关，而是基于代持行为的违法性。

法律建议：

• 对于实际出资人而言，应尽可能与代持人签订详细的股权代持协议，明确双方的权利义务、违约责任等条款，以降低法律风险。
• 一旦发现代持人擅自转让股权，实际出资人应立即采取法律措施，如向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在选择代持人时，实际出资人应谨慎考虑代持人的信誉、经济实力等因素，以降低代持人擅自转让股权的风险。

总结：代持新三板公司股权时，若代持人未经同意擅自转让股权，其可能承担民事责任，包括违约责任、侵权责任以及返还股权转让款等。实际出资人应根据具体情况采取相应的法律措施，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。