已交印花税的合同发生退货及赔偿时，印花税的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 合同解除或作废且未履行
   若合同因退货完全解除或作废，且双方未实际履行合同义务（如未交付货物、未支付货款），根据《印花税法》及其实施细则，纳税人可向税务机关申请退还已缴纳的印花税。
   操作建议：

   • 保留合同解除协议、退货凭证、付款记录等证据；
     
   • 向主管税务机关提交书面退税申请，说明合同解除原因及退税依据；
     
   • 税务机关审核通过后，可退还税款或抵减后续应纳税额。

2. 合同部分履行后退货
   若合同已部分履行（如部分货物已交付），仅因质量问题或其他原因退货部分款项，印花税原则上不予退还。因为印花税是对合同签订行为的征税，与合同是否完全履行无关。
   例外情形：

   • 若退货导致合同金额减少，且双方重新签订补充协议明确减少金额，可按减少后的金额计算补缴或退还印花税（但实务中退税难度较大）；
     
   • 若赔偿款独立于合同金额（如违约金、赔偿金），且未在原合同中体现，则赔偿款部分无需缴纳印花税。

3. 赔偿款是否涉及印花税

   • 若赔偿款属于合同价款的补充（如因延迟交货支付的赔偿金计入货款总额），则需按合同金额合并计算印花税；
     
   • 若赔偿款独立于合同（如单纯因违约支付的违约金），且未体现为合同金额，则无需缴纳印花税。
     关键点：赔偿款是否构成合同金额的组成部分，需结合合同条款及实际履行情况判断。

实务建议：

1. 签订合同时明确约定退货、赔偿条款，并注明是否影响合同金额；
   
2. 发生退货或赔偿时，及时与税务机关沟通，确认具体税务处理方式；
   
3. 保留完整证据链（合同、退货单、赔偿协议、付款记录等），以备税务检查。
   

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