核心结论：在朋友卖烟被抓并供出上家但未抓到上家的情况下，司法机关会继续侦查，同时上家仍可能面临法律追责；作为朋友或相关人员，应关注自身法律风险并配合调查。以下是具体分析：

1. 司法机关的侦查程序不会因未抓到上家而终止

• 继续侦查义务：根据《刑事诉讼法》第115条，公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。即使上家未被抓获，司法机关仍会通过技术侦查、线索追踪、证人询问等方式继续追查。
• 通缉与协查：若上家身份明确但潜逃，公安机关可发布通缉令（《刑事诉讼法》第155条），并通过全国公安信息网络协查，限制其出境、住宿、交通等行为。

2. 上家未被抓获不影响已抓获人员的定罪量刑

• 共同犯罪的认定：若朋友与上家构成共同犯罪（如共同策划、分工销售），即使上家未到案，朋友仍可能被单独定罪。根据《刑法》第25条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪，上家未到案不影响对已抓获人员的刑事责任认定。
• 量刑考量：朋友供出上家属于“立功表现”（《刑法》第68条），若查证属实，可依法从轻或减轻处罚；但若朋友本身是主犯或情节严重，立功可能仅作为量刑情节，不影响定罪。

3. 上家可能面临的法律后果

• 刑事追责：若上家被抓获，可能涉嫌非法经营罪（《刑法》第225条）或生产、销售伪劣产品罪（如销售假烟），具体罪名取决于烟的来源（真烟非法经营或假烟销售）。
• 逃匿风险：若上家长期潜逃，可能被列为网上追逃对象，影响其日常生活（如无法办理银行卡、乘坐高铁等）；若被抓获，可能因“逃避侦查”被从重处罚。

4. 作为朋友或相关人员的建议

• 配合调查：若被司法机关询问，应如实说明情况，避免隐瞒或伪造证据，否则可能涉嫌包庇罪（《刑法》第310条）。
• 关注自身风险：若朋友要求你协助隐藏、转移证据或资金，应坚决拒绝，此类行为可能构成共同犯罪或帮助毁灭证据罪。
• 法律咨询：若你或朋友涉及案件，可进一步向我咨询具体法律程序（如取保候审、辩护策略等），我会结合案情提供专业建议。

总结：上家未被抓获不影响案件推进，司法机关会持续侦查；已抓获人员可能因立功表现获从轻处理，但需配合调查；上家若被抓将面临刑事追责。如有具体案情或疑问，可直接向我提问，我会为你详细分析。