保险公司违法取得的病历作为证据，在法庭上能否主张需分情况讨论，具体分析如下：

1. 违法取得病历的证据效力问题
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，证据需满足合法性、真实性、关联性三性要求。若保险公司通过非法手段（如伪造授权、贿赂医务人员、私自复制病历等）获取病历，该证据因违反《民法典》第1222条（患者隐私权保护）或《医师法》中关于病历管理的规定，可能被认定为非法证据，法院有权依据《民事诉讼法解释》第106条予以排除。

2. 例外情形：瑕疵证据的补正
   若保险公司能证明病历内容本身真实（如通过医院盖章确认、医务人员出庭作证等方式），且非法取证行为未严重侵害他人合法权益（如仅因程序瑕疵未取得患者书面同意），法院可能根据《民事证据规定》第90条，要求保险公司补正取证程序（如补充授权文件），此时病历仍可能被采纳。

3. 对患者方的救济途径
   若患者主张病历系非法取得，需在举证期限内向法院提出非法证据排除申请，并提交初步证据（如报警记录、医院出具的未授权查询证明等）。法院将结合取证手段、证据内容、侵权后果等因素综合判断。若排除该证据后，保险公司无法完成举证责任，可能承担不利后果。

建议：若您涉及此类纠纷，需重点审查保险公司取证的具体手段（如是否伪造签名、是否通过黑客入侵系统等），并收集反证证明其违法性。如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节。