结论：在两人合伙做生意且各占一半股份的情况下，对于一人先垫付两万，后来拿走九千五的问题，另一人应支付的金额取决于双方是否有明确的约定以及该约定的性质。以下分情况讨论：
若双方约定垫付资金为借款：
- 法律解释：如果双方明确约定，其中一人先垫付的资金是作为对另一方的借款，那么该垫付行为就构成了一种借贷关系。根据《中华人民共和国民法典》中关于借贷合同的规定，借款人应当按照约定的期限返还借款。
- 计算方式：在此情况下，先垫付两万的一方（借款人）后来拿走九千五，若这九千五被视为部分还款，则另一方（出借人）还应支付的金额为剩余借款，即20000 - 9500 = 10500元。但若这九千五并非作为还款，而是其他用途，则另一方仍需支付全部两万借款，同时可就九千五的用途与对方进行协商或寻求法律途径解决。不过，从常理推断，更可能是作为部分还款处理。
- 建议：双方应明确借款的期限、利率（如有）及还款方式等条款，以避免后续纠纷。
若双方约定垫付资金为投资款或共同承担的费用：
- 法律解释：如果双方约定，先垫付的资金是作为共同投资或共同承担的费用，那么该垫付行为就构成了合伙关系中的资金投入。在这种情况下，由于双方各占一半股份，因此原则上应共同承担费用和分享收益。
- 计算方式：若将先垫付的两万视为共同投资或费用，后来拿走的九千五若被视为对共同资金的提取或分配，则需要根据双方的约定或合伙协议来确定另一方应支付的金额。若双方没有明确约定提取或分配的比例和方式，则可能需要根据实际情况进行协商或寻求法律途径解决。不过，在缺乏具体约定的情况下，一个合理的假设是，双方应平等地承担费用和分享收益，因此另一方可能无需额外支付金额，除非有额外的收益或费用需要分配。但考虑到先垫付的一方已经拿走了部分资金，若这被视为一种预分配或提前回收投资，则另一方可能无需立即支付，而是应在后续收益分配中相应调整。
- 更具体的分析：若将两万视为共同出资，且后续经营中未产生其他收益或费用，那么每人应承担的出资额为1万。先垫付的一方多出了1万，后来拿走的9500可视为对其多出资的部分回收。因此，从简化计算的角度看，另一方此时无需再额外支付（因为每人原本就应承担1万，先垫付方已通过拿走9500部分回收了其多出的出资），但若考虑先垫付方还有500元未回收，这500元可在后续收益中优先分配给先垫付方，或双方协商由另一方现在支付。但最直观且简单的处理方式是，既然双方各占一半，且先垫付方已拿走部分资金，可视为双方已对出资进行了部分调整，另一方此时无需立即支付额外金额，除非有进一步的收益分配或费用承担需求。
- 建议：双方应签订详细的合伙协议，明确出资比例、费用承担方式、收益分配比例等条款，以避免后续纠纷。
若双方没有明确约定垫付资金的性质：
- 法律解释：如果双方没有明确约定垫付资金的性质，那么该垫付行为可能引发争议。在这种情况下，双方应首先尝试通过协商来解决争议。
- 建议：若协商不成，双方可以寻求法律途径解决，如通过调解、仲裁或诉讼等方式来确定垫付资金的性质及另一方应支付的金额。在处理此类争议时，法院或仲裁机构可能会考虑双方的实际行为、交易习惯、行业惯例等因素来作出判断。
总结与进一步建议：
- 在合伙做生意时，双方应明确约定各项条款，包括出资比例、费用承担方式、收益分配比例等，以避免后续纠纷。
- 若双方已经发生了类似的争议，应首先尝试通过协商来解决。若协商不成，可以寻求法律途径解决，并准备好相关证据来支持自己的主张。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。