发现公司合作商拿回扣，公司应立即采取以下措施，具体分情况处理如下：

1. 固定证据，确认事实
   首先需通过合法手段收集证据，包括但不限于：合作商与内部人员沟通记录（邮件、微信、录音等）、资金往来凭证（银行流水、转账记录）、合同条款异常（如价格明显高于市场价）、内部审批流程违规等。
   注意：证据需满足合法性、关联性、真实性，避免通过非法手段获取（如窃听、侵入系统），否则可能被认定为无效证据。

2. 区分行为性质，选择处理路径

   • 若回扣涉及公司员工与外部勾结：
     可能构成《刑法》中的非国家工作人员受贿罪（若员工非国企人员）或受贿罪（若员工为国企人员），合作商可能构成对非国家工作人员行贿罪或行贿罪。公司可向公安机关报案，同时依据《劳动合同法》解除与涉事员工的劳动合同，并追究其赔偿责任。
     
   • 若仅为合作商单方行为，无内部人员配合：
     合作商可能违反《反不正当竞争法》或《民法典》中的诚信原则，公司可依据合同条款（如“廉洁协议”“反商业贿赂条款”）要求其承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金，甚至解除合同。

3. 内部处理与外部追责并行

   • 内部：立即暂停与该合作商的合作，启动内部审计，排查其他潜在风险；对涉事员工进行调查，若证据充分，按公司规章制度处理（如警告、降职、开除）。
     
   • 外部：向合作商发送书面函件，明确指出其违法行为，要求限期说明情况并赔偿损失；若对方拒绝配合，可向法院提起民事诉讼，或向市场监管部门举报其不正当竞争行为。

4. 完善风控机制，预防再次发生
   事后需修订合作合同，增加“反商业贿赂条款”“审计配合条款”；建立合作商黑名单制度；对员工进行合规培训，明确禁止收受回扣，并设立举报渠道（如匿名举报邮箱）。

关键提醒：处理过程中需避免“私了”或掩盖事实，否则可能因包庇犯罪或纵容违法行为承担连带责任。若涉及金额较大或情节复杂，建议同步委托律师介入，确保程序合法、证据充分。

如有具体细节需进一步分析（如回扣金额、合作模式、证据类型等），可直接向我说明，我会结合案例为您详细解答。