结论：违反《土地管理法》第58条第二项，只和部分使用权人签订的拆迁协议，其效力需根据具体情况判断，一般而言，若未获得全体共有人同意，该协议可能被认定为无效或部分无效。
分析说明：
法律背景：
- 《土地管理法》第58条第二项通常涉及土地征收、拆迁等情形下的补偿与安置问题。在拆迁过程中，若土地或房屋存在多个使用权人或共有人，拆迁协议的签订需遵循相关法律规定，确保所有权利人的合法权益得到保障。
协议效力判断：
- 全体共有人同意原则：在拆迁涉及共有财产时，原则上应获得全体共有人的同意才能签订拆迁协议。若只与部分使用权人签订协议，而未获得其他共有人的同意，该协议可能因违反法定程序而被认定为无效或部分无效。
- 表见代理或追认情形：如果部分使用权人在签订协议时，能够证明其获得了其他共有人的授权或事后得到了其他共有人的追认，那么该协议可能被视为有效。但这种情况需要严格的证据支持，且实践中较为少见。
- 协议内容合法性：即使协议获得了部分使用权人的同意，但如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，该协议同样可能被认定为无效。
法律后果：
- 协议无效：若拆迁协议被认定为无效，那么双方基于该协议所取得的财产应当予以返还，不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 部分无效：如果协议部分内容无效，但不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。此时，双方应就有效部分继续履行，并就无效部分进行协商或通过法律途径解决。
法律建议：
- 全面了解情况：在签订拆迁协议前，应全面了解土地或房屋的使用权情况，确保所有权利人都参与协议的签订或获得其明确授权。
- 咨询专业律师：由于拆迁协议涉及复杂的法律关系和利益分配，建议在签订前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
- 保留证据：在签订协议过程中，应保留好所有相关证据，如授权书、会议记录、签字文件等，以备不时之需。
进一步思考：
- 在实际操作中，拆迁协议的签订往往涉及多方利益，因此需要谨慎处理。如果遇到只与部分使用权人签订协议的情况，应尽快与其他共有人取得联系，协商解决方案。
- 如果协议已经签订但存在争议，应及时通过法律途径解决，以避免损失扩大或引发更复杂的法律问题。
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