结论前置：拿员工工资做绩效考核是否合法，需根据具体情况判断。在符合一定条件下，如制度合法合规、内容明确合理、告知员工且考核过程公正透明时，是合法的；但若违反相关法律法规或劳动合同约定，则属于非法行为。
详细分析：
制度合法合规：
- 用人单位在制定绩效考核制度时，必须依法进行，即经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的基础。
- 制度内容应明确、具体，且不与法律法规相抵触。例如，绩效考核的标准、方式及绩效工资扣减的具体情形和比例等，都应有明确规定。
内容明确合理：
- 绩效考核的标准、流程、扣减工资的条件和幅度等应明确、具体且合理。考核指标应与员工的工作内容、岗位紧密相关，能客观反映工作表现和业绩。
- 扣减工资的幅度应适中，避免过高导致员工权益受损。例如，若扣减后工资低于当地最低工资标准，则显然是不合法的。
告知员工：
- 用人单位应通过签订劳动合同、发放员工手册、组织培训等方式，确保劳动者充分了解绩效考核制度的内容。员工应对考核标准、流程、扣减规则等有清晰的认知。
- 若用人单位未履行告知义务，员工有权对绩效考核制度提出异议，并可能因此认为扣减工资行为不合法。
考核过程公正透明：
- 考核应遵循公正、公平、公开的原则。考核结果应有充分的事实依据，并能向员工提供合理的解释和说明。
- 考核过程应避免主观随意性、偏见、歧视等情况。若考核过程存在不公正现象，员工有权对考核结果提出申诉，并可能因此认为扣减工资行为不合法。
非法情况举例：
- 若用人单位没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资也是不合法的。
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
法律建议：
- 对于劳动者而言，若认为用人单位绩效考核扣绩效工资的行为不合法，首先应尝试与用人单位进行协商沟通，要求用人单位说明扣减工资的依据和理由。
- 若协商不成，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供充分的证据证明用人单位的扣减工资行为不合法。
- 对于用人单位而言，应加强内部管理，完善绩效考核制度，确保其行为符合法律法规和劳动合同约定。同时，用人单位在制定和执行绩效考核制度时，应充分听取员工意见，确保制度的合理性和公正性。
总之，拿员工工资做绩效考核的合法性取决于多个因素，包括制度的合法合规性、内容的明确合理性、告知员工的义务履行情况以及考核过程的公正透明性等。若您在此方面遇到法律问题，可以直接向我咨询。