劳动仲裁判决支付的加班费属于劳动者的工资收入，应当依法缴纳个人所得税，但在实际操作中，是否实际扣缴取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 加班费的性质：

   • 加班费是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所获得的报酬，属于工资薪金所得的一部分。根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条，工资薪金所得应当缴纳个人所得税。

2. 税务处理原则：

   • 理论上，劳动仲裁判决支付的加班费，作为工资薪金所得，应当纳入个人所得税的计税范围。用人单位在支付加班费时，应依法进行个人所得税的代扣代缴。

3. 实际操作中的考虑因素：

   • 判决内容：劳动仲裁的判决内容可能明确指出加班费的支付方式及税务处理。如果判决中未特别说明，则按照一般税务处理原则执行。
   • 支付方式：如果加班费是随同正常工资一起支付，且用人单位已经按照正常工资进行了个人所得税的代扣代缴，那么加班费部分通常也会被包含在内。如果加班费是单独支付，用人单位则需单独计算并代扣代缴个人所得税。
   • 金额大小：对于小额的加班费，可能由于低于个税起征点而无需缴纳个人所得税。但具体是否需要缴纳，还需根据当地的个税起征点及具体金额来判断。
   • 税务筹划：在某些情况下，用人单位或劳动者可能通过合理的税务筹划来降低税负，但这必须在法律允许的范围内进行。

4. 特殊情况说明：

   • 如果劳动仲裁判决中明确指出加班费免征个人所得税，或者存在其他特殊的税务优惠政策，那么应按照判决或政策执行。
   • 在实际操作中，如果用人单位未依法代扣代缴个人所得税，劳动者有权向税务机关举报，并要求用人单位补缴税款及可能的滞纳金。

5. 法律建议：

   • 对于劳动者而言，应了解自己的加班费是否应缴纳个人所得税，并保留好相关的支付凭证和税务处理记录。
   • 对于用人单位而言，应依法进行个人所得税的代扣代缴工作，避免因税务问题而引发的法律风险。

总结来说，劳动仲裁判决支付的加班费在理论上应当缴纳个人所得税，但具体是否需要缴纳还需根据判决内容、支付方式、金额大小及税务筹划等因素来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。