结论：在全责方质疑修车费用，但另一方已全额付款的情况下，可以通过协商、申请第三方评估、诉讼等途径解决争议。以下是对此问题的详细分析：

一、协商解决

1. 沟通协商：首先，建议双方进行友好沟通，明确全责方质疑修车费用的具体原因。如果质疑是基于对修车项目、费用明细的不了解或误解，可以通过提供详细的修车清单、发票等证据来消除疑虑。
2. 达成和解：在沟通的基础上，双方可以尝试达成和解协议，明确修车费用的承担方式和金额。和解协议可以书面形式记录，并由双方签字确认，以作为后续争议解决的依据。

二、申请第三方评估

1. 选择评估机构：如果双方无法就修车费用达成一致，可以考虑共同委托一家具有资质的第三方评估机构对修车费用进行评估。评估机构应独立、公正，且具备相关的专业知识和经验。
2. 接受评估结果：评估机构出具的评估报告应作为双方解决争议的重要依据。如果评估结果与已付款金额相符或相近，全责方应接受并承担相应费用；如果评估结果低于已付款金额，另一方可能需要退还部分费用或双方协商处理。

三、诉讼解决

1. 提起诉讼：如果协商和第三方评估均无法解决争议，受损方（即已全额付款的一方）可以向人民法院提起诉讼，要求全责方承担修车费用。在提起诉讼时，应提交相关证据，如交通事故责任认定书、修车清单、发票、评估报告等。
2. 法院审理：法院将依法审理案件，并根据双方提供的证据和法律规定作出判决。如果判决全责方承担修车费用，全责方应履行判决义务；如果判决驳回受损方的诉讼请求，受损方可能需要承担诉讼费用等后果。

四、法律建议

1. 保留证据：在处理此类争议时，双方应妥善保留相关证据，如交通事故现场照片、责任认定书、修车清单、发票等。这些证据将有助于证明事故责任和修车费用的合理性。
2. 及时咨询：如果双方对修车费用存在争议且无法自行解决，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律意见和帮助。

五、可能法律后果

1. 如果全责方被判决承担修车费用：全责方需按照判决结果支付相应费用，并可能承担诉讼费用等额外支出。
2. 如果受损方被判决驳回诉讼请求：受损方可能需要承担诉讼费用等后果，并可能面临无法追回已支付修车费用的风险。

在处理此类争议时，双方应保持冷静和理性，通过合法途径解决争议，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。