结论：在已经提交离婚申请后抓到对方和小三在一起，一般情况下不能直接给小三判刑，但可能涉及其他法律责任和民事赔偿问题。以下从不同角度为你详细分析：
一、刑事责任角度
- 通奸不构成犯罪：在我国现行法律体系中，单纯的通奸行为（即已婚者与婚外异性发生不正当性关系）并不构成犯罪。因此，即使你抓到配偶和小三在一起，也不能直接要求对小三进行刑事处罚。
- 可能涉及的犯罪情形：
- 重婚罪：如果配偶与小三以夫妻名义共同生活，或者登记结婚，则可能构成重婚罪。此时，不仅配偶可能面临刑事处罚，小三如果明知对方有配偶而与之结婚或以夫妻名义共同生活，也可能构成共犯。但需要注意的是，重婚罪的认定需要严格的证据支持，如共同居住、公开以夫妻名义生活等。
- 其他犯罪：如果小三在与你配偶的关系中存在其他违法行为，如诈骗、盗窃等，则可能根据具体行为构成相应的犯罪，但这与通奸行为本身无关。
二、民事责任角度
- 离婚损害赔偿：在离婚诉讼中，如果你能证明配偶存在与他人同居等重大过错行为，可以要求配偶承担离婚损害赔偿责任。虽然这一赔偿是针对配偶的，但间接上也是对小三行为的一种法律否定和制裁（因为配偶的过错行为往往与小三有关）。
- 精神损害赔偿：在某些情况下，如果配偶的出轨行为给你造成了严重的精神损害，你也可以在离婚诉讼中要求精神损害赔偿。这一赔偿同样不直接针对小三，但反映了法律对婚姻忠诚的保护和对受害者权益的关怀。
三、实际操作建议
- 收集证据：如果你打算在离婚诉讼中主张配偶的过错行为，需要收集充分的证据来支持你的主张。这些证据可以包括照片、视频、聊天记录、证人证言等。但需要注意的是，收集证据的过程必须合法，不得侵犯他人的合法权益。
- 咨询专业律师：离婚诉讼涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议你咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。我可以根据你的具体情况，为你制定合适的诉讼策略，并帮助你收集证据、准备诉讼材料。
- 保持冷静和理性：面对配偶的出轨行为，你可能会感到愤怒、伤心和失望。但无论如何，保持冷静和理性都是非常重要的。不要采取过激的行为来报复或发泄情绪，这可能会让你陷入更大的麻烦之中。
最后，离婚是一个复杂而敏感的过程，需要谨慎处理。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。我会尽我所能为你提供专业的法律支持和建议。