在签订变更劳动主体的补充协议时，协议的份数通常取决于公司的内部管理规定以及实际需要，但一般建议至少准备两份，一份由公司留存，一份由员工留存。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司留存：公司需要保留一份补充协议作为其管理档案的一部分，以备后续查阅和审计。这份协议将作为公司调整劳动关系、变更劳动主体等重要决策的依据。

2. 员工留存：员工同样需要保留一份补充协议，以维护自己的合法权益。在劳动关系变更过程中，员工有权了解并确认自己的权益是否得到保障。保留补充协议有助于员工在必要时向公司或相关部门主张自己的权利。

3. 其他可能的情况：

   • 劳动部门备案：在某些情况下，公司可能需要将补充协议提交给劳动部门进行备案。此时，公司可能需要额外准备一份或几份协议以满足备案要求。
   • 第三方机构留存：如果变更劳动主体涉及第三方机构（如社保机构、公积金管理中心等），公司可能需要根据这些机构的要求准备相应数量的补充协议。

法律建议：

• 明确协议内容：在签订补充协议前，双方应明确协议的内容，包括变更的劳动主体、变更后的权利义务、生效时间等关键条款。
• 确保协议合法有效：补充协议应符合相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或损害社会公共利益。
• 保留证据：双方应妥善保管补充协议的原件或复印件，以备后续查阅和维权之需。

可能的法律后果：

• 如果协议份数不足或丢失：可能导致双方在后续争议中无法提供有效证据，从而影响各自权益的维护。
• 如果协议内容违法或无效：可能导致协议被撤销或确认无效，双方需承担相应的法律责任。

如有任何关于劳动工伤或劳动仲裁方面的疑问，可以直接向我咨询。