船检不合格整改后是否还会被罚款，需分情况讨论，具体如下：

1. 整改及时且符合要求，未造成其他后果
   若船舶在首次检验不合格后，立即按照船检机构的要求完成整改，且整改结果经复检确认符合安全、环保等标准，同时未因不合格状态引发事故、污染或其他违法行为，通常不会额外罚款。船检的核心目的是督促船舶合规运营，整改达标后行政处罚的必要性降低。

2. 整改不及时或拒不整改
   若船舶在检验不合格后，未在规定期限内完成整改，或整改后仍不符合要求，船检机构可依据《中华人民共和国海上交通安全法》《中华人民共和国船舶和海上设施检验条例》等规定，对船舶所有人或经营人处以罚款。罚款金额根据违法情节轻重，通常在数千元至数万元不等，具体需参考地方性法规或部门规章。

3. 因船检不合格引发其他违法行为
   若船舶在检验不合格期间擅自航行、作业，或因不合格状态导致事故、污染等后果，除可能面临船检相关的罚款外，还可能因违反《中华人民共和国海洋环境保护法》《中华人民共和国刑法》等法律，承担更严重的行政责任或刑事责任。例如，擅自航行可能被处以罚款、扣留船舶；造成重大污染事故的，可能构成污染环境罪。

建议：

• 收到船检不合格通知后，应立即停止相关航行或作业活动，避免扩大违法风险；
  
• 及时联系专业机构或人员完成整改，并保留整改记录、复检报告等证据；
  
• 若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有具体案件细节或地方性规定需要进一步分析，可直接向我咨询。