直行车辆撞上已进入路口等待车辆的责任判定，需根据具体事故情形和交通法规综合分析，常见情况如下：

1. 若直行车辆未遵守让行规则
   根据《道路交通安全法实施条例》第五十二条，机动车通过无交通信号灯控制的路口时，进入路口前应停车瞭望，让右方道路的来车先行。若直行车辆未让行已进入路口的车辆（尤其是从其右方驶来的车辆），导致碰撞，通常由直行车辆承担主要或全部责任。例如：A车从东向西直行，B车从南向北已进入路口等待，A车未减速让行直接撞上B车，A车全责。

2. 若直行车辆存在其他违法行为
   若直行车辆存在超速、闯红灯、分心驾驶（如玩手机）等违法行为，且这些行为与事故发生存在因果关系，即使对方车辆已进入路口，直行车辆仍可能被认定承担主要责任。例如：A车超速通过路口，撞上正常等待的B车，A车需承担责任。

3. 若等待车辆存在过错
   若已进入路口的车辆存在违法行为（如违规停车、突然变道、未开启转向灯等），且该行为与事故发生存在因果关系，可能减轻直行车辆的责任。例如：B车在路口违规停车，A车避让不及发生碰撞，B车可能承担部分责任。

4. 特殊情形：路口拥堵时的责任
   若因前方拥堵，车辆已合法进入路口但无法继续通行（即“滞留车辆”），后续直行车辆应主动避让。若直行车辆未避让导致碰撞，通常由直行车辆承担责任。例如：B车因前方堵车停在路口，A车未减速撞上B车，A车全责。

建议处理步骤：

1. 立即报警并保护现场，由交警出具《事故责任认定书》；
   
2. 收集证据（如行车记录仪、现场照片、证人证言）；
   
3. 若对责任认定有异议，可在3日内申请复核；
   
4. 根据责任划分协商赔偿或通过诉讼解决。
   

如有进一步细节（如路口是否有信号灯、车辆行驶方向等），可向我补充说明，我会为您具体分析。