结论：在符合法定程序和条件的情况下，行政机关可以通过集体讨论将原本两万元的罚款降低至5000元。但这一行为必须严格遵循相关法律法规的规定，确保程序的合法性和合理性。

分析说明：

1. 行政处罚的裁量权：

   • 行政机关在作出行政处罚时，享有一定的裁量权。这意味着，在法律规定的范围内，行政机关可以根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素，对处罚的种类和幅度进行适当的选择和调整。
   • 在本案例中，原本两万元的罚款是行政机关根据初步判断作出的处罚决定。然而，如果经过进一步审查或当事人提出申辩、听证等程序后，行政机关认为原处罚决定过重或存在其他需要调整的情形，那么行政机关有权对处罚决定进行变更。

2. 集体讨论的程序要求：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关规定，对于重大、复杂的行政处罚案件，行政机关应当集体讨论决定。这旨在确保行政处罚的公正性、合理性和合法性。
   • 在本案例中，如果行政机关认为将罚款从两万元降低至5000元是一个需要慎重考虑的决定，那么它应当组织集体讨论。在讨论过程中，行政机关可以充分听取各方面的意见和建议，对案件的事实、证据、法律适用等进行全面审查和分析，最终作出合理的处罚决定。

3. 降低罚款的合法性和合理性：

   • 行政机关在决定降低罚款时，必须确保这一行为符合法律法规的规定。具体来说，降低罚款的理由必须充分、合理，且能够得到法律的支持和认可。
   • 同时，行政机关还需要考虑降低罚款后是否能够达到行政处罚的目的和效果。如果降低罚款后仍然能够有效地惩戒违法行为、维护社会秩序和公共利益，那么这一行为就是合理和可行的。

法律建议：

• 如果你是当事人，认为原处罚决定过重或存在其他需要调整的情形，你可以向行政机关提出申辩或申请听证等程序，要求行政机关对处罚决定进行重新审查。
• 如果你是行政机关工作人员，在作出降低罚款的决定时，请务必确保程序的合法性和合理性。在集体讨论过程中，要充分听取各方面的意见和建议，对案件进行全面审查和分析，确保最终作出的处罚决定既符合法律法规的规定，又能够达到行政处罚的目的和效果。

可能后果：

• 如果行政机关未经合法程序擅自降低罚款，可能会面临被撤销或变更处罚决定的风险。同时，相关责任人员还可能承担行政责任或法律责任。
• 如果当事人对降低后的罚款决定仍然不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。