结论：在合同未明确标注为特殊工种且工厂档案管理不完善的情况下，能否通过其他证据证明是特殊工种并办理相关手续，需视具体情况而定，但存在通过其他证据证明的可能性。

分析说明：

1. 特殊工种认定依据：

   • 特殊工种的认定通常基于国家相关部门的规定和工厂的实际作业情况。即使合同中未明确标注，如果实际工作内容符合特殊工种的定义和标准，仍有可能被认定为特殊工种。

2. 证据收集与证明：

   • 工作记录：尽管工厂档案管理不完善，但员工可以尝试收集自己的工作记录，如工作日志、考勤记录、工作成果等，以证明自己从事的是特殊工种的工作。
   • 同事证言：同事的证言也是重要的证据之一。如果有多名同事能够证明该员工从事的是特殊工种，这将大大增加证明的可信度。
   • 专家鉴定：在必要时，可以寻求相关领域专家的鉴定意见，以证明员工的工作性质符合特殊工种的标准。
   • 其他辅助证据：如工作现场的照片、视频，以及与特殊工种相关的培训证书、资格证书等，也可以作为辅助证据。

3. 办理相关手续的可能性：

   • 如果员工能够收集到足够的证据证明自己从事的是特殊工种，那么就有可能通过相关部门的审核，办理特殊工种的相关手续，如特殊工种退休、特殊工种津贴等。
   • 但需要注意的是，不同地区和不同部门对于特殊工种的认定标准和办理手续可能存在差异，因此员工需要了解并遵守当地的相关规定。

4. 法律建议：

   • 积极收集证据：员工应尽快开始收集与特殊工种相关的证据，以免因时间久远而难以获取。
   • 咨询相关部门：在收集证据的过程中，员工可以咨询当地的人力资源和社会保障部门或劳动监察部门，了解特殊工种的认定标准和办理手续。
   • 寻求法律帮助：如果员工在收集证据或办理手续过程中遇到困难，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。

行动建议：

• 员工应尽快开始收集与特殊工种相关的证据，包括工作记录、同事证言、专家鉴定等。
• 同时，员工应咨询当地的人力资源和社会保障部门或劳动监察部门，了解特殊工种的认定标准和办理手续。
• 如果遇到困难或疑问，员工可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。