结论：税务机关在未依法履行告知义务的情况下注销公司税务登记，可能需承担行政程序违法责任，公司可通过行政复议或诉讼要求撤销注销决定并复原税务登记。以下从法律责任、复原路径、实务建议三方面展开分析：

一、税务机关可能承担的法律责任

1. 程序违法责任
   根据《税收征收管理法》第十六条及《税务登记管理办法》第二十八条，税务机关注销税务登记前需依法审查纳税人是否结清税款、滞纳金或罚款，并履行告知义务。若未告知公司享有陈述、申辩权（如《行政处罚法》第四十四条规定的程序权利），属于程序违法，可能被认定注销决定无效。

2. 行政赔偿风险
   若注销行为导致公司无法正常经营（如无法开具发票、申报纳税），造成直接经济损失（如合同违约赔偿、停业损失），公司可依据《国家赔偿法》第四条要求税务机关赔偿直接财产损失，但需证明损失与注销行为存在直接因果关系。

二、公司税务复原的合法路径

1. 行政复议：快速撤销注销决定

   • 申请条件：自知道注销决定之日起60日内，向上一级税务机关或本级人民政府申请复议。
     
   • 复议理由：强调税务机关未履行告知义务、未查实税款结清情况等程序瑕疵。
     
   • 结果预期：复议机关若认定程序违法，将撤销注销决定，税务登记自动恢复效力。

2. 行政诉讼：终极救济手段

   • 起诉条件：若复议未果或未申请复议，可在知道注销决定之日起6个月内直接向法院起诉。
     
   • 诉讼策略：以“违反法定程序”为核心主张，要求法院判决撤销注销行为并责令税务机关重新作出行政行为。
     
   • 证据准备：需提供税务注销通知书、未收到告知的证明（如邮寄凭证、沟通记录）、税款结清证明等材料。

3. 税务登记补办：实务操作步骤

   • 联系主管税务机关：说明情况并要求出具《税务事项通知书》，确认注销原因及是否需补缴税款。
     
   • 补正材料：若因未申报导致注销，需补缴税款、滞纳金后申请重新登记；若因程序瑕疵，可凭复议决定书或判决书直接要求恢复登记。
     
   • 系统更新：税务机关需在金税三期系统中撤销注销状态，恢复公司税务登记信息。

三、实务建议与风险提示

1. 立即行动：税务注销后，公司可能被列入“非正常户”名单，影响法人信用及后续经营，需在60日内启动复议或诉讼程序。
   
2. 证据固定：保存所有与税务机关的沟通记录（如电话录音、邮件、短信），证明未收到告知或未被告知救济途径。
   
3. 专业协助：税务行政程序涉及《税收征收管理法》《行政处罚法》《行政复议法》等多部法律，建议委托律师起草复议申请书或诉讼文书，提高成功率。
   

提示：若公司实际已结清税款，可同步向税务机关申请出具《清税证明》，作为复议或诉讼中的关键证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。