核心结论：公司已取得清税证明但未完成工商注销时被起诉，您仍需积极应诉，同时可同步推进工商注销程序或根据诉讼结果调整注销策略。以下是具体分析及建议：

一、未完成工商注销的法律状态

1. 公司主体资格仍存续
   根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，公司未完成工商注销登记前，其法人资格仍存续，仍需以公司名义参与诉讼。此时您作为法定代表人或负责人，需代表公司应诉，不能以“正在注销”为由拒绝出庭或履行义务。

2. 清税证明的作用
   清税证明仅证明公司已结清税款，不免除公司其他债务或法律责任。若诉讼涉及公司债务（如合同纠纷、劳动争议等），公司仍需承担责任，但可主张以剩余资产清偿。

二、被起诉后的应对措施

1. 立即委托律师应诉

   • 收集证据：整理公司合同、财务记录、清税证明等材料，证明公司已履行部分义务（如纳税）或债务已清偿。
     
   • 提出抗辩：若诉讼理由不成立（如对方主张的债务已过诉讼时效、证据不足等），可在答辩中明确反驳。
     
   • 协商和解：若债务真实存在，可尝试与原告协商分期偿还或减免部分债务，降低诉讼成本。

2. 同步推进工商注销程序

   • 若诉讼不影响注销条件（如无未了结债务），可继续向工商部门提交注销申请，并说明诉讼情况（部分地区可能要求提供诉讼进展说明）。
     
   • 若诉讼导致注销受阻（如法院裁定冻结公司资产或限制注销），需先解决诉讼问题，再申请注销。

三、特殊情形处理

1. 若公司已无资产且无力偿债

   • 可向法院申请破产清算，通过破产程序终结公司债务。破产清算完成后，再办理工商注销。
     
   • 需注意：破产清算需满足《企业破产法》条件（如不能清偿到期债务且资产不足以清偿全部债务），且需经法院裁定。

2. 若诉讼涉及股东个人责任

   • 若原告主张股东滥用公司法人独立地位（如财产混同、过度支配等），可能要求股东承担连带责任。此时需提供公司财务独立证明（如审计报告、银行流水等）抗辩。

四、后续风险防范

1. 完成注销前避免新债务
   在注销完成前，公司仍可能因经营行为产生新债务，建议暂停业务活动，防止债务扩大。

2. 公告债权人
   若选择自行清算注销，需按《公司法》规定公告债权人，确保债权人申报权利，避免注销后被追责。

总结：当前需优先应对诉讼，同时根据诉讼结果和公司资产状况决定是否继续注销。若需进一步分析诉讼策略或注销流程，可直接向我咨询具体问题。