综合工时制下，加班费的支付需根据不同情况计算，核心法律依据为《劳动法》及《工资支付暂行规定》，具体结论如下：

1. 综合工时制的基本定义
   综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，经劳动行政部门批准后，以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心是“周期内总工时不超标”，但超出部分仍需支付加班费。

2. 加班费的支付规则

   • 工作日延长工作时间：若在综合计算周期内，某一具体工作日超过8小时，但周期内总工时未超法定标准（如月166.64小时），则不视为加班，无需支付加班费。
     
   • 周期内总工时超标：若周期内总工时超过法定标准（如月166.64小时），超出部分按以下方式支付加班费：
     
     • 超出部分≤36小时（月标准）：按不低于工资的150%支付；
       
     • 超出部分＞36小时：其中36小时按150%支付，剩余部分按不低于工资的200%支付（部分地区可能直接按200%计算，需结合地方规定）。
       
   • 休息日工作：若在综合计算周期内的休息日工作，但周期内总工时未超标，则不视为加班；若总工时超标，超出部分按上述规则支付加班费。
     
   • 法定节假日工作：无论周期内总工时是否超标，法定节假日工作的均按不低于工资的300%支付加班费。

3. 地方性规定的差异
   部分地区（如北京、上海）对综合工时制的加班费计算有更细致的规定，例如：

   • 北京：周期内总工时超标部分，每日超过8小时的部分按150%支付，休息日工作的按200%支付；
     
   • 上海：周期内总工时超标部分，统一按150%支付，但法定节假日按300%支付。
     建议：具体计算时需结合企业所在地的地方性法规。

4. 企业操作要点

   • 审批程序：企业需向劳动行政部门申请综合工时制，未经批准的，仍需按标准工时制支付加班费。
     
   • 工时记录：企业需完整记录员工的工作时间，包括每日工作时长、周期内总工时，以备劳动监察或争议时使用。
     
   • 员工告知：企业需向员工明确说明综合工时制的计算方式及加班费支付规则，避免争议。

温馨提示：若您所在的企业实行综合工时制，或您对加班费计算有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况（如所在地区、行业、工时记录等）提供更详细的解答。