将窗户改为门并开设宠物店是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否符合相关法律法规及规划要求。以下从不同角度为你详细分析：
一、建筑结构与规划许可角度
建筑结构安全：
- 窗户改为门可能涉及建筑结构的改动，这需要确保改动后的建筑结构仍然安全稳定，不会对整栋建筑造成安全隐患。
- 根据《建筑法》及相关规定，任何建筑结构的改动都需要经过专业设计、施工，并可能需要获得相关部门的审批。
规划许可：
- 窗户改为门可能改变了建筑的外立面或使用功能，这通常需要获得城市规划部门的许可。
- 未经许可擅自改动可能违反《城乡规划法》等相关规定，面临罚款、责令恢复原状等法律后果。
二、用途变更与经营许可角度
用途变更：
- 如果原建筑用途并非商业用途，将窗户改为门并开设宠物店可能涉及用途变更。
- 用途变更通常需要获得相关部门的批准，并可能需要补缴土地出让金等费用。
经营许可：
- 开设宠物店需要获得工商部门的营业执照，并可能需要获得动物防疫、环保等相关部门的许可。
- 未经许可擅自经营可能面临罚款、停业整顿等法律后果。
三、侵权损害角度
对相邻权的影响：
- 窗户改为门并开设宠物店可能对相邻业主的通风、采光、隐私等造成影响，从而构成对相邻权的侵害。
- 根据《民法典》中关于相邻权的规定，相邻业主有权要求停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
对公共利益的影响：
- 如果改动或经营行为对公共利益造成损害，如影响城市景观、破坏环境等，也可能面临法律责任。
四、建议与措施
咨询相关部门：
- 在决定将窗户改为门并开设宠物店前，建议先咨询当地城市规划、建筑、工商等部门，了解相关法律法规及审批流程。
办理相关手续：
- 按照相关部门的要求，办理建筑结构改动审批、规划许可、用途变更、经营许可等手续。
尊重相邻权：
- 在改动或经营过程中，应尊重相邻业主的权益，避免对其造成不必要的损害。
合法经营：
- 确保宠物店的经营活动符合相关法律法规的要求，如动物防疫、环保等，以避免法律风险。
总结来说，将窗户改为门并开设宠物店是否合法，取决于是否符合建筑结构安全、规划许可、用途变更、经营许可等相关法律法规的要求，以及是否尊重相邻权、不损害公共利益。在决定进行此类改动或经营前，建议先咨询相关部门并办理相关手续，以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。