针对您提出的“设施农用地涉及占用耕地怎么办”的问题，这确实是一个需要严格依法处理的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法占用耕地作为设施农用地的流程与规定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及其相关实施条例，任何涉及农用地（包括耕地）转为建设用地或用于其他非农业用途的行为，都必须依法办理农用地转用审批手续。对于设施农用地，虽然其具有一定的农业生产服务功能，但若涉及占用耕地，同样需遵循此规定。
申请与审批流程：
- 提出申请：您需要向所在农村集体经济组织或村民委员会提交设施农用地用地申请，详细说明用地目的、位置、面积及预期使用年限等信息。
- 组级讨论与公示：村民小组会对您的申请进行讨论，并在小组范围内进行公示，以征求其他村民的意见，公示期一般不少于7个工作日。
- 村级审查：村委会会审查您的申请资格、用地位置及面积等，确认无误后签署意见并加盖公章，然后报送至乡（镇）人民政府。
- 乡镇审核与实地勘查：乡（镇）人民政府会组织相关部门进行实地勘查，核实申请情况，并对您是否符合设施农用地使用条件进行审核。
- 县级审批：县级人民政府自然资源主管部门会审查您的申请材料，符合条件的会报县级人民政府批准。若涉及农用地转用，您还需依法办理相关审批手续，包括缴纳相关费用、提交转用方案等。
- 获得许可后使用：经依法批准后，您可按批准的用地位置、面积及规划要求使用土地进行设施农用地建设。
其他注意事项：
- 在使用过程中，您必须确保设施农用地的用途符合批准范围，不得擅自改变用途或扩大用地规模。
- 您应遵守当地关于设施农用地建设、管理等方面的规定，确保设施的建设和运营符合环保、安全等要求。
二、非法占用耕地作为设施农用地的法律后果与应对措施
法律后果：
- 根据《土地管理法》及相关法律法规，未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用耕地进行设施农用地建设的，县级以上人民政府自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用土地上新建的设施。同时，您还可能面临罚款等行政处罚。
应对措施：
- 自行整改：如果您发现自己未经批准占用了耕地进行设施农用地建设，应立即停止建设，并主动向当地自然资源主管部门报告。在主管部门的指导下，采取措施进行整改，如拆除违法设施、恢复土地原状等。
- 接受处罚：对于非法占用耕地的行为，相关部门将依法作出处罚决定。您应按时履行处罚义务，如缴纳罚款、拆除违法设施等。如果您对处罚决定不服，可以在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
三、结论与建议
设施农用地涉及占用耕地是一个需要严格依法处理的问题。您在使用耕地进行设施农用地建设前，必须了解并遵循相关法律法规，依法进行申请和审批，确保使用行为的合法性。同时，您应遵守生态保护及设施农用地管理要求，维护当地环境和秩序。如果您在申请或使用过程中遇到疑问或困难，建议咨询当地自然资源主管部门或专业律师以获取帮助和指导，避免不必要的法律风险和损失。