医院员工停车扣钱是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 如果医院有明确的规章制度，且该制度经过合法程序制定并公示：

   • 医院作为用人单位，有权根据自身管理需要制定规章制度，包括员工停车管理规定。
   • 若这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，且已经通过合法程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等）制定并公示，那么医院依据这些规定对员工停车进行扣费是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 如果医院没有明确的规章制度，或者规章制度未经过合法程序制定并公示：

   • 在这种情况下，医院单方面对员工停车进行扣费可能缺乏合法依据。
   • 员工有权拒绝不合理的扣费，并可以向医院提出异议或寻求劳动争议调解、仲裁等途径维护自己的合法权益。

3. 如果扣费行为违反了国家法律法规的强制性规定：

   • 即使医院有规章制度，但如果该制度违反了国家法律法规的强制性规定（如乱收费、侵犯员工财产权等），那么扣费行为也是不合法的。
   • 员工在这种情况下同样有权拒绝扣费，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

建议：

• 作为医院员工，如果面临停车扣费问题，首先应查看医院的规章制度，了解扣费的具体依据和程序。
• 如果认为扣费不合理或存在违法行为，可以与医院进行沟通协商，寻求解决方案。
• 如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：医院员工停车扣钱是否合法，取决于医院是否有明确的、经过合法程序制定并公示的规章制度，以及该制度是否违反了国家法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。