保护动物鉴定费的承担问题，需根据具体情况来判断，一般而言，鉴定费由申请鉴定的一方先行垫付，最终根据侵权责任认定结果来确定由谁承担。以下从不同角度详细分析：
侵权责任明确时：
- 如果经过鉴定，确认是某方的行为导致了动物受到伤害或保护动物的身份得到确认，且该行为构成侵权，那么根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，侵权方应当承担因其侵权行为所造成的全部损失，这自然包括了为确定侵权事实而进行的鉴定费用。例如，若某人故意伤害了一只受保护的野生动物，经鉴定确认后，该鉴定费用应由侵权人承担。
侵权责任不明确或存在争议时：
- 在某些情况下，侵权责任可能并不明确，或者双方对侵权责任存在争议。这时，鉴定费用可能由双方协商分担，或者根据法院的判决来确定。如果最终法院判决某方承担侵权责任，那么该方通常也需要承担鉴定费用。反之，如果法院认为双方均无责任或责任难以划分，鉴定费用可能会根据公平原则，由双方共同分担或由法院酌情判决。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如涉及公益诉讼或政府主导的保护动物行动，鉴定费用可能由政府或相关公益组织承担。此外，如果鉴定是由于行政机关的执法需要而进行的，那么鉴定费用也可能由行政机关承担。
法律建议：
- 在处理保护动物鉴定费承担问题时，建议首先尝试通过协商解决，明确双方的责任和义务。
- 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决，包括向法院提起诉讼或申请仲裁。
- 在整个过程中，务必保留好所有相关的证据和文件，如鉴定报告、发票、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果侵权方拒绝承担鉴定费用，受害方可以通过法律途径追讨，这可能导致侵权方面临法律制裁和额外的经济损失。
- 如果双方对鉴定费用的承担存在争议且无法协商解决，可能会引发长期的法律纠纷，增加双方的时间和金钱成本。
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