针对您提出的“重大疾病犯罪嫌疑人怎么处理”这一问题，我会结合我国相关法律及实践，为您详细解析司法机关在处理此类情况时的具体做法和原则。

一、病情轻微不影响羁押与刑事责任能力

若犯罪嫌疑人所患疾病为普通疾病，如感冒、皮肤病等，且该病不影响其刑事责任能力和羁押安全性，那么公安机关将按照正常的刑事诉讼程序进行侦查，并采取相应的强制措施，如拘留、逮捕等。在此情况下，疾病不会成为阻碍刑事诉讼程序进行的因素。

二、病情严重但不影响刑事责任能力

1. 变更强制措施：

   • 对于患有严重疾病（如心脏病、癌症等）且生活不能自理的犯罪嫌疑人，如果采取取保候审不致发生社会危险性，公安机关可以决定对其取保候审。若符合逮捕条件但因病无法羁押，则可监视居住。
   • 实施这一流程时，需要由专业医疗机构出具诊断证明，公安机关根据病情和法律规定作出决定。

2. 暂予监外执行（针对已判决罪犯）：

   • 如果犯罪嫌疑人已被判处有期徒刑或拘役，且患有严重疾病需要保外就医，可以由省级人民政府指定的医院诊断并开具证明文件，经人民法院或监狱/看守所批准后暂予监外执行。

三、患有精神类疾病影响刑事责任能力

1. 强制医疗程序：
   • 对于实施暴力行为，危害公共安全或严重危害公民人身安全，且经法定程序鉴定为不负刑事责任的精神病人，如果有继续危害社会的可能，应予以强制医疗。
   • 具体流程包括：公安机关发现符合条件的精神病人后，写出强制医疗意见书移送人民检察院；人民检察院审查后向人民法院提出强制医疗申请；人民法院审理后作出决定。

四、特殊疾病与额外考虑

1. 传染病等特殊疾病：

   • 对于患有传染病或其他特殊疾病的犯罪嫌疑人，公安机关在处理时会采取特殊隔离措施，以防止疾病传播，并确保其在羁押期间得到必要的医疗照顾。

2. 综合考虑因素：

   • 在处理有病犯罪嫌疑人时，司法机关会综合考虑病情的严重性、治疗需求、犯罪性质、社会危害性以及法律和人权保障要求，确保处理方式的合法性和合理性。

五、法律原则与公正性

需要强调的是，尽管犯罪嫌疑人患有重大疾病，但这并不构成逃避法律制裁的理由。司法机关在处理此类案件时，会充分考虑其病情和实际情况，同时确保在法律框架内依法、公正地对其进行处理。这既体现了法治原则，也兼顾了人道主义关怀。

综上所述，对于患有重大疾病的犯罪嫌疑人，司法机关会根据其病情严重程度、是否影响刑事责任能力及羁押安全性、犯罪性质以及法律规定等多方面因素来综合决定处理方式。这一过程中，既确保了法律的严格执行，又兼顾了犯罪嫌疑人的合法权益和健康需求。