结论：刑事拘留了16个月在法院阶段取保候审，最终是否会留下案底，取决于案件的最终处理结果。若案件被撤销、不起诉或判决无罪，则不会留下案底；若被判决有罪，则会留下案底。
详细分析：
取保候审的性质：
- 取保候审是刑事诉讼过程中的一种强制措施，它并不直接决定一个人的有罪与否，也不意味着会留下案底。取保候审的目的是确保犯罪嫌疑人、被告人在等待审判期间能够遵守规定，不逃避或妨碍诉讼的进行。
不会留下案底的情况：
- 侦查阶段撤销案件：如果公安机关在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如犯罪行为并非嫌疑人所为，或者情节显著轻微、危害不大不构成犯罪，应当撤销案件。此时，案件终结，不会留下案底。
- 审查起诉阶段不起诉：人民检察院在审查案件时，如果发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》规定的特定情形之一的（如正当防卫、情节显著轻微等），应当作出不起诉决定。这种情况下，同样不会留下案底。
- 审判阶段宣告无罪：人民法院在审理案件后，如果认为被告人的行为不构成犯罪，会作出无罪判决。无论是因证据不足还是其他原因导致的无罪判决，都不会留下案底。
会留下案底的情况：
- 如果经过法院审判，最终判决被告人有罪，无论是判处主刑（如管制、拘役、有期徒刑等）还是附加刑（如罚金、剥夺政治权利等），都会留下案底。这是因为有罪判决意味着个人已经构成了犯罪，其犯罪记录将被留存并作为案底的一部分。
法律建议：
- 在取保候审期间，应积极配合司法机关的调查，如实陈述事实，不隐瞒、不伪造证据，以争取最好的处理结果。
- 了解清楚相关法律规定和程序要求，以便更好地应对可能出现的各种情况。例如，可以咨询专业律师，了解自己在取保候审期间的权利和义务，以及案件可能的走向。
- 如果案件最终被判决有罪，应认真对待犯罪记录对个人未来的影响，如求职、升学等方面可能受到的限制或审查。在这种情况下，可以考虑通过法律途径寻求救济，如申请复议、申诉等。
总结：
刑事拘留后取保候审本身只是一种刑事强制措施，并不直接决定案件的处理结果，也不会直接给犯罪嫌疑人留下案底。最终是否会留下案底，完全取决于案件的最终处理结果。因此，在处理此类问题时，应重点关注案件的具体情况和最终处理结果，以准确判断是否会留下案底。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。