结论前置：交通肇事罪检察院不起诉，通常情况下不会留下传统意义上的犯罪案底，但具体是否留有记录及该记录的影响，需根据案件的具体情况和不起诉的原因来判断。
一、不起诉后不留传统案底的情况
法定不起诉：
- 情形：根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
- 结果：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
存疑不起诉（证据不足不起诉）：
- 情形：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
- 结果：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。但需注意，若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。
二、可能留有记录的情况及其影响
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。
- 结果：尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院从刑事政策和司法效益等方面考虑作出不起诉决定，在司法机关的内部管理系统中仍可能留有相关记录。这些记录不对外公开，但在特殊行业背景审查等情况下，相关部门可能会查询到这个不起诉记录。这并非传统的犯罪案底，因为未经法院有罪判决，但可能对个人在特定情境下的评价产生一定影响。
其他记录保存：
- 情形：无论何种不起诉情形，相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料。
- 结果：这些材料主要用于司法档案管理，确保司法程序的完整性和可追溯性。它们不对外公开，除非有特定的法律程序或规定要求，否则不会对个人的日常生活产生直接影响。
三、法律建议
了解不起诉类型：若您或您身边的人遇到交通肇事罪检察院不起诉的情况，首先应了解不起诉的具体类型（法定不起诉、酌定不起诉还是存疑不起诉），以便更准确地判断是否会留下案底或相关记录。
咨询专业律师：虽然我作为李焕稳律师已经给出了全面的分析，但每个案件的具体情况都有所不同。若您对案件处理有进一步疑问或需要更详细的法律意见，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供个性化的法律建议。
关注后续影响：即使检察院作出了不起诉决定，也应关注可能留有的记录及其对个人生活、工作等方面的影响。特别是在需要背景审查的特殊行业或岗位中，应提前做好准备和应对。
综上所述，交通肇事罪检察院不起诉是否会留下案底或相关记录，取决于不起诉的具体类型和案件的具体情况。希望以上分析能对您有所帮助。