在职期间申请劳动仲裁的后果，主要取决于仲裁结果以及双方的具体情况，以下从劳动者和用人单位两个角度进行详细分析：
对劳动者的后果
获得合法权益保护与经济补偿：
- 若劳动仲裁委员会认定劳动者的权益受到侵害（如被拖欠工资、未签劳动合同、违法解雇等），将裁决用人单位支付相应的经济补偿或赔偿。例如，因用人单位违法解除劳动合同，劳动者可获赔经济补偿标准的二倍；被拖欠的工资、加班费等也将得到支付。这有效保障了劳动者的经济利益。
- 举例：假设劳动者因用人单位未按时支付工资而申请仲裁，且仲裁委支持了劳动者的请求，那么用人单位就需要支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
维持或恢复劳动关系：
- 对于不合法或不合理的劳动关系解除，劳动仲裁可能裁决恢复双方的劳动关系。这意味着劳动者能够继续在原单位工作，并享受正常的工资待遇和工作安排。
- 举例：若用人单位无故辞退劳动者，且劳动者要求恢复劳动关系，仲裁委可裁决恢复双方的劳动合同关系。
提升法律意识与后续权益保障：
- 劳动仲裁过程增强了劳动者的法律意识，使其更加了解自身权利和义务。这为劳动者未来工作生活中的法律维权提供了坚实基础。
- 通过仲裁确认的劳动关系等事实，也为劳动者后续主张工伤赔偿、补缴社保等权益提供了重要依据。
可能的费用承担与时间精力成本：
- 虽然劳动仲裁通常不收费，但劳动者在仲裁过程中若申请鉴定等服务，可能需要自行承担相关费用。
- 劳动仲裁过程涉及立案、审理、裁决等多个阶段，会耗费劳动者的时间和精力。因此，劳动者在提起仲裁前需权衡利弊，做好充分准备。
对用人单位的后果
承担法律责任与经济损失：
- 用人单位若被认定存在违法行为（如未按时支付工资、未依法签订劳动合同等），需承担相应的法律责任，包括支付罚款、经济补偿或赔偿等。这直接增加了其人力成本和财务风险。
- 举例：若用人单位因违法解除劳动合同而被仲裁委裁决支付赔偿金，那么用人单位就需要按照裁决内容履行支付义务。
企业声誉与信用影响：
- 劳动仲裁结果可能被公开，多次败诉或涉及严重劳动纠纷会影响企业的市场形象和信誉。这进而影响业务拓展和人才招聘。
- 拒不履行仲裁裁决可能导致银行账户被冻结、财产被查封等强制执行措施，甚至被纳入失信名单，严重影响企业的信用评级。
改进管理与避免纠纷：
- 劳动仲裁促使用人单位反思并改进用工管理，完善规章制度和管理流程。这有助于避免类似的劳动争议再次发生。
- 即使胜诉，用人单位也可通过仲裁过程发现潜在的管理问题，进一步提升管理的规范性和合法性。
总结与建议：
在职期间申请劳动仲裁的后果是双向的，既可能保护劳动者的合法权益，也可能对用人单位产生一定的约束和警示作用。对于劳动者而言，应合理运用劳动仲裁来维护自己的权益，但也要做好充分准备，承担可能的费用和时间精力成本。对于用人单位而言，应重视劳动仲裁的警示作用，不断完善内部管理，以避免不必要的法律风险和经济损失。
如果你在职期间遇到了劳动纠纷，或者对劳动仲裁有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。