结论前置：停工一天扣三天绩效工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从法律条款、合理性分析以及劳动者应对措施三个维度进行详细说明：
一、法律条款分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了工资的支付方式和禁止克扣或无故拖欠的原则。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一条款仅允许在特定情形下有限度扣款，且未授权“停工一天扣三天工资”的惩罚性扣款。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
二、合理性分析
违反比例原则：
- 停工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，这种远超实际损失的处罚既不合理也不公平。
涉嫌变相罚款：
- 根据《行政处罚法》，罚款权专属于行政机关。企业自行设定高额扣款实质构成非法罚款，可能引发劳动纠纷。
损害劳动关系：
- 过度扣款会激化劳资矛盾，降低员工归属感。采用合理考勤制度的企业员工流失率通常低于实施惩罚性扣款的企业。
三、劳动者应对措施
协商解决：
- 首先尝试与用人单位进行协商，要求改正这种不合理的规定。在协商过程中，可以引用上述法律条款，说明用人单位的做法缺乏法律依据。
投诉与仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正其违法行为。必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。在投诉或仲裁时，应提供相关证据，如工资条、考勤记录等，以证明用人单位的违法行为。
额外建议：
用人单位角度：用人单位在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。可以通过民主程序制定《员工手册》，明确停工的认定标准和处分梯度，如首次警告、二次扣发当日工资、三次解除劳动合同等。同时，应规范扣款流程，扣款前须履行告知义务，出具书面通知并说明事由。
劳动者角度：劳动者在遇到类似纠纷时，除了采取上述应对措施外，还应增强法律意识，了解自己的权益和义务。在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和扣款的条款，确保自己的权益不受侵害。
总之，停工一天扣三天绩效工资的做法是不合法的，它违反了法律关于工资支付和劳动者权益保护的规定。无论是用人单位还是劳动者，都应遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。