行政处罚中停业整顿与罚款可因不同案由分别适用不同法律依据，二者可独立或合并处罚，具体分析如下：

1. 法律逻辑基础
   根据《行政处罚法》第二十九条，行政机关可对同一违法行为违反多个法律规范的行为（即“想象竞合”）选择最重的处罚种类执行，也可对不同违法行为（即“数个独立违法行为”）分别处罚。若停业整顿与罚款针对的是不同案由（如一个违反《安全生产法》，另一个违反《消防法》），则属于后者情形，可同时适用不同法律依据。

2. 不同案由的认定标准

   • 行为独立性：需证明两个处罚针对的是不同行为（如一个涉及超范围经营，另一个涉及消防设施缺失），而非同一行为的多个表现。
     
   • 法律规范竞合：若两个案由分别对应不同法律条款（如《市场主体登记管理条例》与《消防法》），且无冲突性规定，则可分别处罚。
     
   • 程序合法性：需确保行政机关在处罚前已分别立案、调查取证，并在处罚决定书中明确载明不同案由及法律依据。

3. 处罚依据的适用规则

   • 停业整顿：通常依据《行政处罚法》第九条“限制开展生产经营活动”或单行法（如《食品安全法》第一百三十四条“责令停产停业”）作出。
     
   • 罚款：依据《行政处罚法》第九条“罚款”或单行法具体条款（如《治安管理处罚法》第五十条“处警告或者二百元以下罚款”）。
     
   • 合并处罚：若两个案由均成立，行政机关可依据《行政处罚法》第二十八条“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚”，但可分别作出停业整顿与罚款的处罚（因处罚种类不同）。

4. 实务建议

   • 对行政机关：需在处罚决定书中清晰区分不同案由、证据及法律依据，避免因“一事二罚”被撤销。
     
   • 对当事人：若认为处罚依据错误或案由混淆，可申请行政复议或提起行政诉讼，重点审查行政机关是否完成举证责任（如是否分别证明两个违法行为的成立）。

提示：若涉及具体案件，建议提供处罚决定书内容或案情细节，我可进一步分析法律依据的适用性及程序合法性。