若遇到因存在违法行为而不被开具证明的情况，可分以下几种情形处理：

1. 明确违法事实及拒绝开具证明的合法性
   首先需确认自身是否存在法律明确禁止的违法行为（如违反治安管理、税收征管、市场监管等领域的规定）。若行政机关或单位以“存在违法行为”为由拒绝开具证明，需核实其依据是否合法：

   • 合法依据：若法律、行政法规明确规定“存在某类违法行为者不得开具某证明”（如《企业法人登记管理条例》规定被吊销营业执照的企业不得开具合法经营证明），则拒绝行为具有合法性。此时需先纠正违法行为（如缴纳罚款、补办手续等），再申请开具证明。
     
   • 无合法依据：若拒绝行为无法律依据，或单位超出法定权限设定限制条件，可要求其出具书面拒绝理由，并依据《行政诉讼法》或《民事诉讼法》提起行政诉讼或民事诉讼，主张其行政行为违法或侵犯合法权益。

2. 通过行政复议或申诉途径解决
   若认为拒绝开具证明的行为违法或不当，可向上一级行政机关或主管部门申请行政复议（如对派出所拒绝开具无犯罪记录证明不服，可向公安局申请复议），或通过单位内部申诉渠道反映问题。复议或申诉时需提供证据证明自身行为已纠正或拒绝行为无依据（如缴费凭证、整改完成证明等）。

3. 协商或替代方案

   • 协商沟通：与拒绝开具证明的单位或部门沟通，说明违法行为已纠正或存在特殊情形（如紧急用途），争取其理解并开具证明。
     
   • 替代证明：若无法直接开具目标证明，可尝试通过其他材料佐证需求（如用法院生效文书证明无犯罪记录，或用税务完税证明替代合规经营证明）。

4. 法律救济的时效性
   若选择诉讼或复议，需注意时效限制：

   • 行政复议：一般需在知道拒绝行为之日起60日内提出；
     
   • 行政诉讼：需在知道拒绝行为之日起6个月内提起（经复议的案件，需在收到复议决定书之日起15日内提起）。

行动建议：

1. 优先核实自身违法行为是否已依法纠正（如罚款是否缴纳、手续是否补办）；
   
2. 要求拒绝单位出具书面拒绝理由，并明确引用法律依据；
   
3. 根据拒绝理由的合法性，选择复议、申诉或诉讼途径；
   
4. 若需紧急使用证明，可尝试协商或提供替代材料。
   

如有具体情形（如拒绝开具的证明类型、违法行为性质等），可进一步说明，我会结合细节提供更精准的建议。