在处理摩托车闯红灯并负全责的赔偿问题时，我们需要从责任认定、赔偿项目与计算标准、赔偿流程与主体，以及特殊情况处理等多个方面进行详细解析，以确保赔偿工作的公正性、合法性和有效性。
一、责任认定
闯红灯行为的性质：
- 闯红灯是严重的交通违法行为，直接违反了《中华人民共和国道路交通安全法》中关于信号灯的规定。此行为极大地破坏了正常的交通秩序，增加了发生交通事故的风险。
责任划分原则：
- 若摩托车闯红灯是事故发生的直接原因，且对方车辆无违法行为，则摩托车驾驶员通常承担全部责任。
- 交警部门会根据现场勘查、当事人陈述、证人证言等证据，全面还原事故发生经过和原因，从而作出责任认定。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车间发生交通事故，由有过错一方承担赔偿责任。在此类事故中，摩托车驾驶员因闯红灯行为通常被视为有过错一方。
二、赔偿项目与计算标准
人身损害赔偿：
- 医疗费：根据医疗机构出具的收款凭证，结合病历和诊断证明确定。
- 误工费：根据误工时间和收入状况计算。有固定收入的，按实际减少的收入计算；无固定收入的，参照最近三年平均收入或当地相同行业平均工资计算。
- 护理费：根据护理人员收入状况和护理人数、期限确定。
- 残疾赔偿金/死亡赔偿金：根据受害人丧失劳动能力程度或伤残等级/死亡情况，按照当地上一年度人均可支配收入或纯收入标准计算。
财产损失赔偿：
- 车辆损失：通过专业评估机构评估车辆损坏情况，确定维修费用或贬值损失。
- 其他财产损失：如随身物品损坏，按实际损失赔偿。
三、赔偿流程与主体
报案与现场勘查：
- 事故发生后，摩托车驾驶员和对方车辆驾驶员应及时向交警部门和保险公司报案。保险公司将派员进行现场勘查并出具勘查单。
责任认定与协商赔偿：
- 交警部门根据调查结果作出责任认定。双方根据责任认定结果协商赔偿事宜，可签订赔偿协议并履行。
理赔：
- 若协商不成或需保险公司理赔，摩托车驾驶员应按要求提供相关理赔材料，如医疗费发票、误工证明、车辆评估报告等。保险公司审核后将按责任比例赔付。
赔偿主体：
- 摩托车驾驶员个人行为由其本人赔偿；若摩托车为单位车辆且执行工作任务时发生事故，则由单位赔偿；若摩托车投保了交强险和商业险，则在保险责任范围内由保险公司赔偿。
四、特殊情况处理与注意事项
人员伤亡处理：
- 若事故造成人员伤亡，赔偿标准类似财产损失，但超出交强险部分需由三责险处理，并提供医疗发票等相关材料。
保留证据与异议处理：
- 双方应保留好相关证据材料，如现场照片、视频、证人证言等，以便后续处理。对交警部门责任认定有异议的，可向交警部门提出复议或向人民法院提起诉讼。
法律咨询与帮助：
- 在处理此类事故时，若遇到复杂情况或不确定如何操作，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到妥善维护。
综上所述，摩托车闯红灯并负全责的赔偿问题涉及多个方面，需要摩托车驾驶员和对方车辆驾驶员共同配合，遵循相关法律法规和赔偿流程，确保赔偿工作的顺利进行。