在处理逃税款去向不明的问题时，我们通常需要依据一系列的法律程序和调查手段来推定税款的去向以及确定逃税的责任方。以下是一个详细且深入的解答过程：
一、初步调查与线索收集
数据比对与分析：
- 税务机关会首先通过大数据分析等手段，比对企业的申报数据与实际业务数据，如报关单数据、银行流水等，以发现潜在的逃税线索。
- 在上海悟瀚进出口有限公司的案例中，税务机关就是通过大数据分析发现了该公司存在大量报关单数据与企业零申报情形相背离的情况。
案头分析与调查核实：
- 税务机关会对企业的财务报表、账簿、记账凭证等进行详细审查，以确认企业是否存在隐匿收入、少列支出等逃税行为。
- 同时，税务机关还会与企业相关人员进行沟通，了解企业的实际经营情况和税款缴纳情况。
二、深入调查与证据收集
交易脉络梳理：
- 在发现逃税线索后，税务机关会顺着交易脉络进行深入调查，如从报关行、货运代理公司等环节入手，调取相关资料，逐级调查，以确认逃税的具体环节和责任方。
- 在上海悟瀚的案例中，检查人员就是通过报关行提供的报关数据和附件材料，找到了对应的货运代理公司，并逐一确认了与货运代理公司联系的货主。
证人证言收集：
- 税务机关会收集与逃税行为相关的证人证言，如企业员工、合作伙伴、客户等的陈述，以进一步确认逃税的事实和细节。
三、逃税款去向推定
资金流向追踪：
- 通过调查企业的银行流水、资金往来等，税务机关可以追踪逃税款的资金流向，从而推定税款的去向。
- 在上海悟瀚的案例中，虽然具体税款去向未直接提及，但通常逃税款可能被用于企业扩张、个人消费、投资等其他非税用途。
责任方确定：
- 根据调查结果和证据收集情况，税务机关会确定逃税的责任方，包括企业本身、企业负责人、财务人员等。
- 在上海悟瀚的案例中，最终确认了该企业经营期间出口的商品为出口应征税产品，且涉及偷逃税费，因此企业及其相关责任人员被依法追究了责任。
四、法律处理与处罚
追缴税款与滞纳金：
- 税务机关会依法追缴企业逃缴的税款，并加收滞纳金，以弥补国家税收损失。
罚款与刑事处罚：
- 根据逃税情节的严重程度，税务机关还会对企业处以罚款，并可能依法追究相关责任人员的刑事责任。
- 在上海悟瀚的案例中，税务机关对其作出了追缴税费款、加收滞纳金并处罚款共计8262.46万元的处理处罚决定。
五、后续监管与预防
恢复税务登记与持续监管：
- 对于通过注销登记等方式企图逃避税务监管的企业，税务机关会联合相关部门依法撤销其注销登记，恢复税务登记，并持续加强监管。
加强宣传教育与预防：
- 税务机关还会加强税收法律法规的宣传教育力度，提高企业的税法遵从度，预防类似逃税行为的发生。
综上所述，推定逃税款去向不明的问题需要税务机关通过一系列的法律程序和调查手段来逐步揭示真相，并依法对逃税行为进行处理和处罚。同时，也需要加强后续监管和预防工作，以维护国家税收秩序和公平竞争的市场环境。