结论概述：如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，通常情况下不会留下案底。但具体是否留有案底，还需根据不起诉的具体类型和情形来判断。

详细分析：

• 法定不起诉：

  • 情形：根据《刑事诉讼法》第十六条，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，检察院会作出法定不起诉决定。
  • 结果：由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。

• 酌定不起诉：

  • 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。但此处存在一个常见的误解，实际上，酌定不起诉在严格意义上仍属于构成犯罪但不予刑事处罚的情形，不过根据最新的法律实践和理论，多数情况下酌定不起诉也不会留下正式的犯罪记录（案底），但可能存在内部记录或档案。为了准确起见，我们可以认为在大多数实务操作中，酌定不起诉不会公开留有案底，但具体还需根据当地司法实践和政策。
  • 结果（修正后）：在大多数实务操作中，不会留下公开的案底，但可能存在内部记录。

• 存疑不起诉：

  • 情形：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
  • 结果：由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。

其他法律后果：

• 即使检察院决定不起诉，交通肇事者仍需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费、精神损害抚慰金等。
• 此外，如果交通肇事行为违反了《道路交通安全法》等相关行政法规，还可能面临行政处罚，如罚款、吊销机动车驾驶证等。这些行政处罚记录会在公安机关留存，并在某些情况下（如申请驾照、求职等）被查询和考虑。

建议与总结：

• 如果您或您身边的人涉及交通肇事罪案件，且检察院决定不起诉，建议了解具体的不起诉类型和情形，以便更准确地判断是否会留下案底。
• 无论是否留下案底，交通肇事者都应积极承担民事赔偿责任，并遵守相关行政法规，以避免进一步的法律后果。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细和准确的法律意见。