在原配起诉小三返还财产案件期间，若小三已将款项还给了男方，法院的判决会依据具体情况有所不同，但通常可能会倾向于认定小三无需再返还该部分已归还的款项。以下从几个关键角度进行分析：

1. 法律关系的本质：

   • 原配起诉小三返还财产，通常基于的是不当得利或侵犯夫妻共同财产权的法律关系。不当得利是指一方在没有合法依据的情况下获得利益，而另一方因此遭受损失。在此类案件中，若小三获得的财产原本属于夫妻共同财产，且没有合法依据，则构成不当得利。
   • 当小三在诉讼期间将款项归还给男方时，这一行为实际上是在消除其不当得利的状态。从法律上讲，一旦不当得利被返还，原配的损失即得到弥补，因此，对于已归还的部分，法院通常不会再判决小三进行返还。

2. 诉讼时效与举证责任：

   • 诉讼时效方面，虽然小三的还款行为可能发生在诉讼期间，但这并不影响原配对剩余未归还财产的追索权（如果存在的话）。然而，对于已归还的部分，由于原配的损失已经得到弥补，因此不再存在诉讼时效的问题。
   • 举证责任方面，原配需要证明小三获得的财产属于夫妻共同财产，且没有合法依据。若小三能证明其已将款项归还给男方，则这一举证责任得到满足，法院将据此进行判决。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决时，会综合考虑双方当事人的陈述、证据以及相关法律法规。对于已归还的款项，法院会确认其归还的事实，并据此判断小三是否仍需承担返还责任。
   • 若小三能提供充分的证据证明其已将款项归还给男方，且这一归还行为是自愿的、合法的，那么法院通常会认定小三无需再返还该部分款项。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果小三的还款行为存在瑕疵，如还款金额不足、还款方式不合法等，或者原配能证明小三仍保留有其他未归还的财产，那么法院可能会根据具体情况判决小三继续承担返还责任。
   • 另外，如果男方在收到还款后，又将该款项用于其他非法目的或再次转移给小三，那么原配仍有可能通过法律途径追索这部分财产。

建议：

• 对于原配而言，如果发现小三在诉讼期间归还了部分或全部款项，应及时与律师沟通，了解这一行为对诉讼的影响，并据此调整诉讼策略。
• 对于小三而言，如果确实存在归还款项的情况，应保留好相关证据（如转账记录、收条等），以便在诉讼中证明自己的还款行为。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。