虚开增值税发票的非法所得会被上缴。具体分析如下：
法律定性：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的行为，构成虚开增值税专用发票罪。该罪名的核心在于通过虚开发票骗取国家税款，非法所得通常指行为人通过虚开行为实际获取的税款利益。
非法所得的处理：
- 追缴与没收：根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。在虚开增值税发票案件中，非法所得（如骗取的税款、手续费等）属于违法所得，依法应当上缴国库。
- 税务处理：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此，虚开行为导致的税款损失，税务机关会先行追缴，剩余部分作为非法所得上缴国库。
程序与执行：
- 刑事程序：在刑事诉讼中，法院会判决追缴或没收非法所得，并由执行机关（如法院或公安机关）负责具体执行。
- 行政程序：税务机关在行政调查中发现的非法所得，会通过行政处罚程序追缴，并可能移送司法机关处理。
例外情形：若非法所得已被转移或灭失，行为人可能需承担等值赔偿义务；若部分所得用于合法用途（如支付员工工资），可能需区分处理，但核心原则仍是最大限度追缴非法利益。
总结：虚开增值税发票的非法所得必然会被上缴国库，这是法律对犯罪行为经济后果的必然追责。若您或他人涉及此类问题，建议立即停止违法行为并主动配合调查，以争取从宽处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用或程序问题。