结论：工程未交付验收但业主已经使用了，移交时间的确定需分情况讨论，一般以业主实际使用的时间作为移交时间，但具体还需结合合同约定、实际使用情况以及法律规定来综合判断。
详细分析：
合同有明确约定的情况：
- 如果建设工程合同中明确规定了移交时间的确定方式，比如约定“工程未经正式验收，但业主实际使用的，以业主实际使用之日为移交时间”，那么在这种情况下，移交时间就应当按照合同约定来确定。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人之间有约定的，从其约定。这是意思自治原则在法律中的体现，即尊重当事人之间的真实意思表示。
合同无明确约定的情况：
- 如果建设工程合同中没有明确规定移交时间的确定方式，那么就需要根据实际情况和法律规定来综合判断。
- 实际使用情况：业主已经实际使用了工程，这通常意味着业主已经接受了工程，并认为工程已经达到了可以使用的状态。因此，从实际使用的角度来看，可以将业主实际使用的时间作为移交时间。
- 法律规定：虽然《建筑法》等相关法律法规没有直接规定未交付验收但业主已使用情况下的移交时间，但根据法律原则和精神，可以推断出在这种情况下，应当以业主实际接受工程（即使用）的时间作为移交时间。因为移交的本质是工程所有权的转移和使用权的授予，而业主的实际使用行为已经表明了其对工程的接受。
特殊情况下的处理：
- 如果业主在使用工程后发现工程存在质量问题，并且这些问题是由于承包人的原因造成的，那么业主仍然有权要求承包人承担相应的修复责任或赔偿责任。但这并不影响移交时间的确定，因为移交时间是基于业主的实际使用行为来确定的，与工程是否存在质量问题无关。
- 建议：在这种情况下，建议业主和承包人及时沟通，明确工程的质量问题和修复责任，并签订书面协议以避免后续纠纷。
后续行动建议：
- 对于业主来说，如果工程未经正式验收但已经实际使用，建议及时与承包人沟通确认移交时间，并保留好相关证据（如使用记录、照片等）以备后续可能出现的纠纷。
- 对于承包人来说，如果业主已经实际使用了工程但尚未进行正式验收，建议主动与业主沟通确认移交时间，并提醒业主注意工程的质量问题和使用注意事项。
总结与提醒：
工程未交付验收但业主已经使用了的情况下，移交时间的确定需结合合同约定、实际使用情况以及法律规定来综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。