当派出所或公安局在查房过程中发现房间内的两个人并非夫妻关系时，他们的处理方式会依据具体情况和法律规定来展开，以确保既维护社会秩序，又充分保障公民的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：
一、初步处理与身份核实
身份信息核实：
- 警方会首先要求双方出示身份证件，核实姓名、年龄、职业等基本信息，这是为了确认双方身份，排除任何潜在的违法嫌疑。
双方关系询问：
- 在确认身份后，警方会进一步询问双方的关系，比如是否为朋友、亲戚、同事或情侣等，并了解他们为何会选择在同一房间居住。这一步骤是为了全面了解情况，为后续处理提供依据。
二、根据不同情况分类处理
双方自愿且无违法行为：
- 如果双方能够证明彼此之间存在合法的非夫妻关系，且没有涉及金钱交易、强迫等违法行为，那么这通常被视为正常的社交行为或合法同居。在此情况下，警方通常不会进行实质性处罚，而是进行简单的询问和了解情况后，允许双方继续正常生活。
涉及违法行为：
- 卖淫嫖娼行为：如果警方通过调查发现两人之间存在金钱交易等卖淫嫖娼的证据，那么将依据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对涉事人员处以拘留和罚款等行政处罚。
- 非法同居及重婚罪：如果其中一方或双方已有配偶，却与他人以夫妻名义共同居住，这可能涉嫌重婚罪。公安机关在掌握一定证据后，会按照刑事诉讼程序立案侦查，并由法院根据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行判决。
三、特殊情况的处理
情侣关系但非夫妻：
- 如果双方是情侣关系但尚未结婚，且没有违法行为，警方通常不会过多干涉他们的私人生活。但可能会提醒他们注意个人隐私和公共道德，避免引起不必要的误会或麻烦。
误查或误会：
- 如果查房是由于误查或误会导致的，警方在核实情况后会向当事人道歉并说明情况，以消除误解和不必要的困扰。
四、配合警方调查与权益保护
- 在面对此类情况时，双方应保持冷静、理智，尊重执法人员的权威，并如实提供相关信息。配合警方的调查是公民的义务，也是确保问题得到妥善解决的关键。
- 同时，公民也应了解自己的合法权益，确保在处理过程中不受侵犯。如果认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。
综上所述，当派出所或公安局查房发现男女不是夫妻关系在同一房间时，他们的处理方式既严谨又人性化。双方应积极配合警方工作，如实提供信息，并根据具体情况接受相应的法律处理。