农行房贷第二天补扣是否算逾期，需分情况讨论：

1. 合同约定角度
   根据《民法典》第675条及《商业银行个人住房贷款管理办法》相关规定，借款人应按合同约定的还款日履行还款义务。若合同明确约定“还款日次日补扣仍视为按时还款”，则不构成逾期；但若合同未约定或明确“仅限还款日当天扣款”，则第二天补扣可能被认定为逾期，银行有权收取罚息并上报征信。

2. 银行操作惯例角度
   实践中，多数银行（包括农行）会设置1-3天的宽限期，允许还款日次日补扣且不计逾期。但需注意：

   • 宽限期非法定权利，而是银行自主提供的便利措施；
     
   • 即使存在宽限期，若补扣后仍显示“逾期状态”，需立即联系银行核实系统记录，避免影响征信。

3. 征信报告影响角度
   根据《征信业管理条例》第16条，银行需在T+1日（即还款日次日）向征信系统报送逾期记录。若第二天补扣成功且银行未在当日报送逾期数据，则可能不会影响征信；但若已报送，即使后续补扣，逾期记录仍会保留（但可申请异议更正）。

建议行动：

• 立即查看贷款合同中关于“还款方式”“逾期认定”的条款；
  
• 联系农行客服确认补扣是否成功及征信报送情况；
  
• 若因系统故障导致非故意逾期，可要求银行出具《非恶意逾期证明》并申请征信修正。
  

法律依据：

• 《民法典》第675条（借款人还款义务）
  
• 《商业银行个人住房贷款管理办法》第25条（还款方式规定）
  
• 《征信业管理条例》第16条（逾期记录报送规则）
  

如有进一步争议（如银行错误认定逾期），可提供具体合同条款及沟通记录，我将协助分析维权路径。