关于农村信用社房贷第二天补扣是否算逾期的问题，这主要取决于农村信用社是否为借款人设定了还款宽限期，以及补扣是否在该宽限期内完成。
一、还款宽限期的影响
设有宽限期的情况：
- 如果农村信用社为借款人设定了还款宽限期（这个期限通常会在贷款合同中明确，一般为1-3天不等），并且借款人在宽限期内成功补扣了房贷，那么这种情况通常不会被视为逾期。宽限期的存在就是为了给借款人一定的缓冲时间，以应对可能出现的资金到账延迟等特殊情况。
未设宽限期或宽限期已过的情况：
- 如果农村信用社没有为借款人设定还款宽限期，或者补扣发生在宽限期之后，那么即使第二天成功补扣了房贷，也通常会被认定为逾期。因为按照贷款合同的约定，借款人需要在还款日前足额偿还当期应还款项，未能按时还款即构成违约。
二、逾期的后果
个人征信影响：
- 逾期还款记录可能会被上传至征信系统，对个人信用产生负面影响。这会影响借款人未来办理贷款、信用卡等金融业务的顺利程度。
额外费用产生：
- 逾期期间，农村信用社可能会按照贷款合同的约定收取逾期利息或罚息，增加借款人的还款负担。
法律后果：
- 在严重逾期的情况下，农村信用社有权采取法律手段追讨欠款，甚至可能将借款人纳入失信名单，面临更多的限制和不良后果。
三、建议与措施
提前准备资金：
- 借款人应提前确保还款账户中有足够的资金，以避免因余额不足导致扣款失败。
关注还款情况：
- 借款人应密切关注还款情况，特别是还款日当天的扣款情况。如果发现扣款失败，应立即联系农村信用社客服，了解原因并寻求解决方案。
主动还款与协商：
- 如果还款日当天系统扣款失败，借款人应主动通过其他渠道（如网上银行、手机银行等）进行还款，以避免逾期。同时，如果确实遇到还款困难，应及时与农村信用社沟通，说明情况并寻求协商解决方案。
综上所述，农村信用社房贷第二天补扣是否算逾期取决于是否有还款宽限期以及补扣是否在该期限内完成。为避免逾期带来的不良影响，借款人应严格遵守贷款合同约定，确保按时足额还款，并采取必要的预防措施。一旦逾期，应立即采取补救措施，与农村信用社协商解决问题。