针对您提出的“只有商标注册证但商品被侵权了怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，要明确的是，拥有商标注册证是维护商标权益的重要基础。商标注册证是商标权的有效证明，它赋予了您对特定商标的独占使用权，并为您在遭遇侵权时提供了法律武器。

当您的商品遭遇侵权时，您可以按照以下步骤来维护自己的权益：

1. 证据收集：

   • 侵权行为证据：这是维权的关键一步。您需要收集侵权方使用与您商标相同或近似标识的商品实物、销售照片、线上截图、广告资料等，这些都能直观展示侵权行为的存在。
   • 权利证据：即您的商标注册证，这是证明您拥有商标权的最直接证据。同时，您还可以提供商标使用的时间证据，如产品包装、合同、发票、广告材料等，以证明您在先使用该商标。
   • 损失证据：如果可能的话，收集因侵权行为所遭受的损失证据，如销售量下降数据、制止侵权的合理费用票据（如律师费、公证费、调查费等）。

2. 与侵权方协商：

   • 在收集了充分证据后，您可以尝试与侵权方进行沟通协商。通过发送正式函件或律师函，明确指出其侵权行为，并要求其停止侵权并赔偿损失。
   • 协商解决纠纷可以节省时间和成本，同时也有助于保持商业关系的缓和。如果能够达成和解，务必签订书面协议以明确双方的权利义务。

3. 寻求行政救济：

   • 如果协商无果，您可以向当地的市场监督管理部门投诉。该部门有权查处商标侵权行为，并会依法展开调查。
   • 如果市场监督管理部门认定侵权行为成立，它会责令侵权方停止侵权、没收销毁侵权商品及工具，并处以罚款，从而迅速制止侵权行为。

4. 提起民事诉讼：

   • 如果行政救济未能满足您的需求，或者您希望获得更全面的赔偿，您可以考虑向法院提起民事诉讼。
   • 在提起诉讼前，您需要确定管辖法院（一般由侵权行为地或被告住所地的中级人民法院或知识产权法院管辖），并准备充分的诉讼材料，包括起诉状、证据清单等。
   • 在诉讼过程中，您需要积极参与庭审，陈述案件事实、展示证据，并对对方观点和证据进行质证反驳。

额外建议：

• 为了更好地维护商标权益，我建议您定期监测市场，及时发现并制止潜在的侵权行为。
• 同时，考虑加强商标的宣传和保护力度，提高商标的知名度和美誉度，从而降低被侵权的风险。

综上所述，拥有商标注册证是维护商标权益的重要基础。当您的商品遭遇侵权时，您应积极收集证据、尝试协商、寻求行政救济或提起民事诉讼来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。