若建筑公司起诉后，发现实际应起诉的主体并非该公司，可按以下方式处理：

1. 申请变更诉讼主体
   在开庭前或庭审过程中，若发现起诉对象错误（如应起诉分公司而非总公司，或应起诉关联公司而非当前被告），可向法院提交《变更当事人申请书》，附上能够证明实际责任主体的证据（如合同相对方信息、工商登记资料等）。法院审查后若认可，会裁定变更被告，诉讼程序继续；若不认可，可能驳回申请并建议另行起诉。

2. 申请撤诉后重新起诉
   若变更申请被驳回，或发现错误较晚（如已进入实体审理阶段），可主动向法院申请撤诉（需提交《撤诉申请书》），待法院裁定准许后，以正确的主体重新提起诉讼。需注意：撤诉后再次起诉需在诉讼时效内，且需承担首次诉讼的诉讼费（部分法院可能减半收取）。

3. 追加被告或第三人
   若错误起诉的公司与实际责任主体存在关联（如母子公司、总分包关系），可申请追加实际责任方为共同被告或第三人，要求其承担连带责任或补充责任。需提交关联关系证明（如股权结构图、合同履行证据等），法院会根据案件事实决定是否追加。

4. 风险防范建议

   • 起诉前核查主体：通过国家企业信用信息公示系统、天眼查等工具确认被告的准确名称、统一社会信用代码、住所地及关联关系，避免因主体错误导致程序反复。
     
   • 证据固定：若已进入诉讼，需尽快收集能指向实际责任主体的证据（如聊天记录、付款凭证、项目签章文件等），以支持变更或追加申请。
     
   • 时效关注：若需撤诉后重新起诉，务必在诉讼时效届满前完成，否则将丧失胜诉权。

示例场景：若A建筑公司误将B集团总公司列为被告，而实际合同签订方为B集团下属的C分公司，且C分公司有独立财产，此时应优先申请变更被告为C分公司；若C分公司无独立财产，可申请追加B集团为共同被告要求承担补充责任。

如有具体案情或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的操作方案。